39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0214 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 454 aa  905    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  84.35 
 
 		 460 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  66.67 
 
 		 448 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  70.61 
 
 		 456 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  63.02 
 
 		 448 aa  547  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  58.66 
 
 		 459 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  61.62 
 
 		 447 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1393  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.8 
 
 		 491 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00241156 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.31 
 
 		 500 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.844138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1389  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.33 
 
 		 484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  35.18 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0401  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.82 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039914  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  26 
 
 		 593 aa  86.7  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1102  peptidoglycan binding domain-containing protein  31 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  26 
 
 		 593 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.08 
 
 		 589 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.99 
 
 		 585 aa  67.4  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  23.82 
 
 		 576 aa  60.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  21.22 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  25.93 
 
 		 515 aa  52.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  36.96 
 
 		 504 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.25 
 
 		 596 aa  51.6  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1467  peptidase S1C, Do  40.54 
 
 		 499 aa  51.2  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.441743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  36.11 
 
 		 505 aa  48.5  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3905  hypothetical protein  26.67 
 
 		 157 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.736098 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1392  protease Do  30.17 
 
 		 493 aa  46.2  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0353  trypsin-like serine protease  37.5 
 
 		 583 aa  45.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.326819  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00650  2-alkenal reductase  36.49 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  27.4 
 
 		 476 aa  45.8  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_002950  PG0593  htrA protein  36.49 
 
 		 498 aa  45.4  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2098  peptidase S1C, Do  35.14 
 
 		 461 aa  45.1  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0559  PDZ/DHR/GLGF domain protein  36.23 
 
 		 487 aa  44.7  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  30.46 
 
 		 502 aa  44.7  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3922  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.67 
 
 		 423 aa  44.3  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  33.94 
 
 		 506 aa  43.5  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10940  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain protein  36.76 
 
 		 539 aa  43.5  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000345024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6606  HtrA2 peptidase  32.97 
 
 		 393 aa  43.5  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.211294  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1378  HtrA2 peptidase  32.38 
 
 		 379 aa  43.1  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000042799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3167  DEAD/DEAH box helicase-like  32.43 
 
 		 384 aa  43.1  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>