More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0202 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  40.97 
 
 
1177 aa  712  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  68.17 
 
 
1156 aa  1522  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  40.88 
 
 
1180 aa  730  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  41.09 
 
 
1164 aa  703  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  41.29 
 
 
1157 aa  684  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  39.81 
 
 
1180 aa  699  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  67.56 
 
 
1162 aa  1468  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1159 aa  2319  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  87.77 
 
 
1161 aa  1984  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  41.34 
 
 
1187 aa  683  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  71.55 
 
 
1164 aa  1565  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  40.65 
 
 
1183 aa  688  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  63.75 
 
 
1202 aa  1392  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  41.53 
 
 
1157 aa  654  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  42.69 
 
 
1165 aa  689  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  41.05 
 
 
1180 aa  734  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  41.91 
 
 
1147 aa  701  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  35.99 
 
 
1155 aa  688  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  80.31 
 
 
1161 aa  1818  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  41.4 
 
 
1147 aa  676  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  40.26 
 
 
1183 aa  695  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  42.28 
 
 
1151 aa  726  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  41.39 
 
 
1147 aa  677  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  42.45 
 
 
1156 aa  823  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  42.59 
 
 
1167 aa  687  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.41 
 
 
1183 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  42.95 
 
 
1189 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 
1121 aa  588  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  37.72 
 
 
1185 aa  588  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  40.7 
 
 
1182 aa  575  1e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  36.35 
 
 
1125 aa  569  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  37.88 
 
 
1106 aa  568  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.09 
 
 
1119 aa  564  1e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  36.09 
 
 
1124 aa  540  1e-152  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.3 
 
 
1157 aa  535  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  40 
 
 
1106 aa  493  1e-138  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  35.33 
 
 
1142 aa  490  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.6 
 
 
1166 aa  474  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 
1161 aa  454  1e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  37.4 
 
 
1120 aa  446  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  28.67 
 
 
1089 aa  437  1e-121  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 
854 aa  397  1e-109  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.5 
 
 
860 aa  389  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.81 
 
 
1147 aa  362  3e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  30.92 
 
 
1177 aa  238  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.44 
 
 
1173 aa  220  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 
1173 aa  218  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 
1173 aa  214  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 
1185 aa  209  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.9 
 
 
1197 aa  207  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 
1095 aa  198  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.4 
 
 
1089 aa  195  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.18 
 
 
1187 aa  195  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 
1087 aa  194  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.1 
 
 
1162 aa  185  4e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 
1168 aa  185  4e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.66 
 
 
1061 aa  177  1e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.78 
 
 
907 aa  169  3e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.35 
 
 
1086 aa  166  2e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 
1110 aa  158  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 
1117 aa  156  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.64 
 
 
1121 aa  156  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  29.16 
 
 
1165 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  26.35 
 
 
1103 aa  152  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.17 
 
 
1057 aa  150  1e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.13 
 
 
1241 aa  149  2e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.43 
 
 
1204 aa  148  5e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.24 
 
 
1241 aa  147  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 
1140 aa  147  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.16 
 
 
1242 aa  146  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.13 
 
 
1241 aa  146  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.13 
 
 
1241 aa  145  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.13 
 
 
1241 aa  145  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.87 
 
 
1241 aa  145  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.03 
 
 
1241 aa  145  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.03 
 
 
1241 aa  144  1e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.11 
 
 
1240 aa  144  1e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.92 
 
 
1241 aa  143  2e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.61 
 
 
1244 aa  142  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.11 
 
 
1149 aa  142  4e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 
1115 aa  137  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.2 
 
 
1248 aa  137  1e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25.38 
 
 
1110 aa  136  2e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  44.31 
 
 
1157 aa  136  2e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  25.32 
 
 
1110 aa  135  4e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.29 
 
 
1118 aa  134  8e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.67 
 
 
1271 aa  134  1e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.28 
 
 
1270 aa  133  2e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 
1080 aa  127  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.1 
 
 
1139 aa  127  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  25.1 
 
 
1242 aa  125  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 
1101 aa  125  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 
1146 aa  124  2e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  30.42 
 
 
1101 aa  122  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.05 
 
 
1218 aa  122  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  31.23 
 
 
1240 aa  121  8e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.05 
 
 
1282 aa  118  6e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  23.52 
 
 
1074 aa  118  7e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  26.61 
 
 
1123 aa  116  2e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  25.16 
 
 
1182 aa  115  4e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>