More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0191 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0191  cytidylate kinase  100 
 
 
212 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0641  cytidylate kinase  88.68 
 
 
212 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.112665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0398  cytidylate kinase  83.02 
 
 
212 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0066  cytidylate kinase  81.6 
 
 
212 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0168644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0104  cytidylate kinase  76.89 
 
 
212 aa  317  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.757727  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0164  cytidylate kinase  81.34 
 
 
209 aa  305  3e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0208  cytidylate kinase  79.61 
 
 
212 aa  298  3e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.300993  normal  0.653073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0614  cytidylate kinase  58.69 
 
 
216 aa  223  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00523823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1111  cytidylate kinase  60.29 
 
 
208 aa  215  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0026  cytidylate kinase  55.71 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404349  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3607  cytidylate kinase  56.4 
 
 
218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0733159  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0025  cytidylate kinase  55.71 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2457  cytidylate kinase  56.94 
 
 
208 aa  204  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.164477  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1304  cytidylate kinase  50.72 
 
 
215 aa  200  9.999999999999999e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00011985  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4031  cytidylate kinase  53.66 
 
 
215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2938  cytidylate kinase  57.14 
 
 
211 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.434038  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0030  cytidylate kinase  54.76 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2086  cytidylate kinase  56.04 
 
 
222 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2129  cytidylate kinase  56.52 
 
 
222 aa  193  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.29015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2406  cytidylate kinase  56.52 
 
 
222 aa  193  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.477842  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4361  cytidylate kinase  50.73 
 
 
215 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0102365 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3457  cytidylate kinase  50.25 
 
 
212 aa  188  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0193  cytidylate kinase  51.47 
 
 
217 aa  187  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5617  cytidylate kinase  57.77 
 
 
212 aa  187  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314381  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0102  cytidylate kinase  51.69 
 
 
216 aa  186  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7108  cytidylate kinase  57.08 
 
 
217 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6548  cytidylate kinase  60 
 
 
210 aa  178  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.440161 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0150  cytidylate kinase  55.83 
 
 
217 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0030  cytidylate kinase  51.69 
 
 
212 aa  176  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0294  cytidylate kinase  54.37 
 
 
213 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1324  cytidylate kinase  51.23 
 
 
208 aa  174  9e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1023  cytidylate kinase  49.76 
 
 
212 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283753  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3784  cytidylate kinase  52.26 
 
 
194 aa  172  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150684  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0197  cytidylate kinase  52.45 
 
 
203 aa  169  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3881  cytidylate kinase  51.49 
 
 
211 aa  168  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3591  cytidylate kinase  53.69 
 
 
206 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.39582  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3276  cytidylate kinase  53.2 
 
 
211 aa  165  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811486  normal  0.522336 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1494  cytidylate kinase  52.71 
 
 
209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.373102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0099  cytidylate kinase  49.21 
 
 
208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.906806 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  41.04 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  41.04 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  41.04 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09660  cytidylate kinase  43.54 
 
 
223 aa  146  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  40.45 
 
 
229 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000112654  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0928  cytidylate kinase  40.19 
 
 
226 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497834  normal  0.452756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1072  cytidylate kinase  40.19 
 
 
226 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000346962  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2690  cytidylate kinase  38.61 
 
 
218 aa  143  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000495966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  39.73 
 
 
229 aa  142  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3257  cytidylate kinase  40.29 
 
 
233 aa  141  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0255416  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  42.79 
 
 
221 aa  141  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  39.73 
 
 
237 aa  141  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000004631  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000397985  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  41.04 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000820305  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  41.04 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2570  cytidylate kinase  40.93 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138254  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000200966  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000134482  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  41.04 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  41.04 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3221  cytidylate kinase  39.81 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.529092  normal  0.197926 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000459306  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  41.04 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  40.38 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000277871  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  41.55 
 
 
228 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0715  cytidylate kinase  51.05 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0993  cytidylate kinase  42.03 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  39.91 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3387  cytidylate kinase  42.86 
 
 
232 aa  139  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000123016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  40.37 
 
 
229 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  39.91 
 
 
229 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.52 
 
 
674 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2816  cytidylate kinase  42.72 
 
 
244 aa  137  8.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0539109  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  40.58 
 
 
228 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1465  cytidylate kinase  40.29 
 
 
240 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00293534  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0173  cytidylate kinase  40.5 
 
 
225 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000480933  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3589  cytidylate kinase  36.73 
 
 
233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.577192  normal  0.0958027 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1351  cytidylate kinase  36.14 
 
 
214 aa  135  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00022877  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1752  cytidylate kinase  37.9 
 
 
227 aa  135  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000925539  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  39.61 
 
 
228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  39.61 
 
 
225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1542  cytidylate kinase  41.01 
 
 
225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.624713  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1734  cytidylate kinase  39.51 
 
 
225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000603603  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0908  cytidylate kinase  40 
 
 
230 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1640  cytidylate kinase  35.32 
 
 
231 aa  134  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.302898 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  39.27 
 
 
667 aa  134  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5748  cytidylate kinase  35.81 
 
 
236 aa  134  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0113044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1291  cytidylate kinase  44.1 
 
 
228 aa  134  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0179  cytidylate kinase  40.1 
 
 
227 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000847233  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1515  cytidylate kinase  43.52 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0849  cytidylate kinase  39.27 
 
 
231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.744629  normal  0.265979 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1232  cytidylate kinase  40.48 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1637  cytidylate kinase  42.58 
 
 
228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  38.71 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1332  cytidylate kinase  42.86 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000433479  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2002  cytidylate kinase  39.02 
 
 
225 aa  132  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0311014  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1026  cytidylate kinase  42.51 
 
 
226 aa  132  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000434199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>