More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0165 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0165  50S ribosomal protein L20  100 
 
 		 119 aa  233  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0448  50S ribosomal protein L20  98.11 
 
 		 119 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0044  50S ribosomal protein L20  95.33 
 
 		 119 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0039  50S ribosomal protein L20  92.52 
 
 		 119 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0215  50S ribosomal protein L20  84.03 
 
 		 119 aa  201  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.901812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0075  50S ribosomal protein L20  90.65 
 
 		 119 aa  184  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1836  50S ribosomal protein L20  76.47 
 
 		 119 aa  179  9.000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0576355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0067  50S ribosomal protein L20  88.79 
 
 		 119 aa  179  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.693382  normal  0.10017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  74.79 
 
 		 125 aa  178  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  76.92 
 
 		 121 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3043  50S ribosomal protein L20  74.58 
 
 		 121 aa  177  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  76.07 
 
 		 121 aa  176  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1932  50S ribosomal protein L20  74.17 
 
 		 120 aa  173  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00425676  normal  0.0301455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3485  50S ribosomal protein L20  73.73 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.500109  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 		 134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1191  50S ribosomal protein L20  73.11 
 
 		 119 aa  172  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 		 134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0800  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 		 134 aa  171  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1314  50S ribosomal protein L20  72.65 
 
 		 133 aa  171  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4269  50S ribosomal protein L20  74.36 
 
 		 134 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  72.88 
 
 		 134 aa  170  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  70.59 
 
 		 125 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4534  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 		 134 aa  170  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0219  ribosomal protein L20  69.23 
 
 		 118 aa  168  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3153  50S ribosomal protein L20  77.36 
 
 		 125 aa  167  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  70.09 
 
 		 133 aa  165  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0490  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 119 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.397114  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1910  50S ribosomal protein L20  76.7 
 
 		 121 aa  159  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2105  50S ribosomal protein L20  69.75 
 
 		 119 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136209  normal  0.230589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3022  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  157  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1402  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  157  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.274987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2753  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  157  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0178087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1374  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  157  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107797  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1362  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  157  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2851  50S ribosomal protein L20  68.91 
 
 		 119 aa  157  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0110251 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2431  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 125 aa  157  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.500057  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1748  50S ribosomal protein L20  69.49 
 
 		 118 aa  156  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0111676 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1455  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1536  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1093  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0111531  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1893  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.292968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4618  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0133372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0966  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2592  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.808755  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1715  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1555  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0996  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1738  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1478  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.727027  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0200  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00269198  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1776  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1451  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 		 119 aa  153  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2856  50S ribosomal protein L20  65.55 
 
 		 120 aa  152  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.366682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2397  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  153  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.703088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1339  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 119 aa  152  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1873  50S ribosomal protein L20  65.55 
 
 		 119 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.855478  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2939  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 121 aa  151  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1278  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 		 118 aa  150  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1163  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 		 118 aa  150  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.322945  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  63.87 
 
 		 119 aa  151  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3092  50S ribosomal protein L20  66.1 
 
 		 119 aa  151  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493016  normal  0.0864607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0231  50S ribosomal protein L20  64.46 
 
 		 121 aa  150  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2513  50S ribosomal protein L20  65.29 
 
 		 121 aa  150  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2000  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 		 120 aa  149  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0210248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4613  50S ribosomal protein L20  63.87 
 
 		 119 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.167314  hitchhiker  0.00727098 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 118 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1143  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 		 119 aa  148  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000341848  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1010  50S ribosomal protein L20  63.03 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0761247  hitchhiker  0.00845124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0686  50S ribosomal protein L20  65.14 
 
 		 120 aa  147  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.499897  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1974  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  145  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0215  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0625735  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0129  50S ribosomal protein L20P  61.54 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.049531  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  64.41 
 
 		 118 aa  144  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000359041  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 		 118 aa  144  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 		 118 aa  144  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1644  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 118 aa  144  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187432  normal  0.12551 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  0.0000236508 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1580  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0366  50S ribosomal protein L20P  60.68 
 
 		 117 aa  143  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000702723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0451  50S ribosomal protein L20  63.03 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3522  50S ribosomal protein L20  58.12 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363328  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 		 119 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000082554  hitchhiker  0.0000796215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  63.79 
 
 		 117 aa  141  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 		 119 aa  140  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000555159  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3092  50S ribosomal protein L20  61.34 
 
 		 119 aa  140  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.907981  normal  0.0375631 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  140  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000521277  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  140  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  140  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  140  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 119 aa  140  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  140  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000387614  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>