192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0161 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0161  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
474 aa  927    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0048  twin-arginine translocation pathway signal  77.31 
 
 
476 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0035  amine oxidase  73.22 
 
 
485 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0443  twin-arginine translocation pathway signal  70 
 
 
476 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0209  amine oxidoreductase domain-containing protein  70.09 
 
 
469 aa  567  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0063  amine oxidase  63.44 
 
 
480 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.203976 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0071  twin-arginine translocation pathway signal  64 
 
 
504 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0204  amine oxidase  39.66 
 
 
463 aa  265  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0203  amine oxidase  41.85 
 
 
450 aa  252  9.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14169  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2453  amine oxidase  37.56 
 
 
425 aa  195  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.950724  normal  0.0836974 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0104  amine oxidase  33.65 
 
 
422 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0698  amine oxidase  35.96 
 
 
414 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613915  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0613  amine oxidase  33.57 
 
 
419 aa  170  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.490888  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0575  amine oxidase  35.28 
 
 
442 aa  169  9e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0489  amine oxidase  34.62 
 
 
456 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0585  amine oxidase  35.28 
 
 
442 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0413  amine oxidase  33.82 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0261  hypothetical protein  33.68 
 
 
415 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.794532  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0549  amine oxidase  33.58 
 
 
450 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.281302  normal  0.915784 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5306  amine oxidase  33.84 
 
 
409 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1419  amine oxidase  35.31 
 
 
419 aa  156  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413429  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2690  amine oxidase  35.6 
 
 
458 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0389849  normal  0.435459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2233  amine oxidase  35.27 
 
 
434 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0743875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0038  amine oxidase  31.66 
 
 
413 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4715  amine oxidase  31.21 
 
 
466 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1664  amine oxidase  31.85 
 
 
422 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155004  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5659  amine oxidase  34.29 
 
 
422 aa  136  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436535  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1155  hypothetical protein  26.36 
 
 
495 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6595  amine oxidase  33.67 
 
 
423 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000326859 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1160  hypothetical protein  26.77 
 
 
495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0744  amine oxidase  29.98 
 
 
420 aa  134  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0115844 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4367  amine oxidase  33.66 
 
 
463 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0377  amine oxidase  35.63 
 
 
457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4843  amine oxidase  33.66 
 
 
420 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2074  amine oxidase  30.18 
 
 
479 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1418  polyamine oxidase  26.08 
 
 
436 aa  130  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.103525  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0785  amine oxidase  35.03 
 
 
417 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0940413  normal  0.297014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0312  amine oxidase  34.16 
 
 
430 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4388  amine oxidase  32.02 
 
 
445 aa  124  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.48846  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2283  Polyamine oxidase  33.33 
 
 
427 aa  122  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.844558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5276  amine oxidase  33.8 
 
 
424 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2278  amine oxidase  31.93 
 
 
435 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.682646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1384  amine oxidase  33.58 
 
 
429 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4699  amine oxidase  29.74 
 
 
445 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0922876  normal  0.472473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1769  amine oxidase  31.85 
 
 
412 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.998946  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1319  amine oxidase  29.18 
 
 
470 aa  116  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1349  amine oxidase  28.47 
 
 
468 aa  106  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3036  amine oxidase  32.15 
 
 
439 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4710  amine oxidase  30.25 
 
 
481 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173844  normal  0.0970024 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1467  amine oxidase  29.81 
 
 
463 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188757  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4579  amine oxidase  34.19 
 
 
438 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130535  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_42289  amine oxidase  26.48 
 
 
628 aa  92  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.317329  decreased coverage  0.00000000282984 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1280  amine oxidase  27.29 
 
 
433 aa  89.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30688  amine oxidase  24.51 
 
 
1199 aa  88.6  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.602004 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2955  amine oxidase  29.48 
 
 
413 aa  85.1  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000016357  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2925  amine oxidase  29.18 
 
 
418 aa  75.1  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183611  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3628  amine oxidase  29.85 
 
 
465 aa  73.6  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.533226  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4155  amine oxidase (flavin-containing)  28.25 
 
 
465 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326684  normal  0.0591967 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1906  amine oxidase (flavin-containing)  27.44 
 
 
487 aa  72.4  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46762  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_51708  flavin-containing amine oxidase  23.17 
 
 
418 aa  71.2  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.771293  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06658  flavin containing polyamine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03510)  24.55 
 
 
536 aa  69.7  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.182585  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2620  amine oxidase  29.43 
 
 
451 aa  69.3  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.794942  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2535  amine oxidase  27.66 
 
 
429 aa  68.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4367  amine oxidase (flavin-containing)  27.15 
 
 
494 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1822  amine oxidase  26.41 
 
 
445 aa  67.8  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5048  twin-arginine translocation pathway signal  26.08 
 
 
578 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5812  amine oxidase; FAD dependent oxidoreductase  26.93 
 
 
494 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03580  lysine-specific histone demethylase Aof2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13000)  29.64 
 
 
1274 aa  67.4  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.506255  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3468  amine oxidase  29.61 
 
 
436 aa  67.8  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.43202  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2472  amine oxidase  26.67 
 
 
459 aa  67.4  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46399  predicted protein  31.16 
 
 
408 aa  66.6  0.0000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1963  amine oxidase  28.09 
 
 
446 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.144326  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4856  amine oxidase  24.95 
 
 
619 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314626  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5286  amine oxidase  24.22 
 
 
592 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.456502  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4983  amine oxidase  24.73 
 
 
619 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0482  amine oxidase  24.63 
 
 
565 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6833  amine oxidase  25.28 
 
 
532 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.574218  normal  0.40808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0455  amine oxidase  23.98 
 
 
624 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6401  twin-arginine translocation pathway signal  24.89 
 
 
493 aa  60.1  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4331  Amine oxidase (flavin-containing)  26.89 
 
 
498 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0789189 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4441  Amine oxidase (flavin-containing)  26.89 
 
 
498 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.358617 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57813  predicted protein  22.24 
 
 
494 aa  58.9  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.266253  normal  0.196096 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5032  amine oxidase  23.87 
 
 
616 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5074  amine oxidase, flavin-containing protein  23.59 
 
 
625 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2742  twin-arginine translocation pathway signal  23.22 
 
 
490 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00724146  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0586  amine oxidase  25.51 
 
 
427 aa  56.6  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4452  Amine oxidase (flavin-containing)  28.48 
 
 
498 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.383006  normal  0.183412 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3282  amine oxidase  26.15 
 
 
451 aa  55.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13115  normal  0.103215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5578  amine oxidase (flavin-containing)  40 
 
 
456 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2005  amine oxidase  23.43 
 
 
492 aa  55.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05480  hypothetical protein  27.86 
 
 
496 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05276  Putative monoamine oxidasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B2F4]  47.54 
 
 
492 aa  54.7  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23230  Flavin containing amine oxidoreductase  31.54 
 
 
415 aa  54.7  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.807494  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0389  amine oxidase  26.29 
 
 
449 aa  53.9  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.22597  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0040  amine oxidase  28.24 
 
 
463 aa  54.3  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1230  amine oxidase (flavin-containing)  40.51 
 
 
457 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.333981  normal  0.164061 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5789  amine oxidase  25.94 
 
 
444 aa  54.3  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3726  amine oxidase  28.42 
 
 
411 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05890  conserved hypothetical protein  35.9 
 
 
492 aa  53.5  0.000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.314478  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5823  amine oxidase (flavin-containing)  26.34 
 
 
493 aa  53.5  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>