More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0156 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  85.81 
 
 		 437 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 437 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  73.04 
 
 		 440 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  66.59 
 
 		 439 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  41.38 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 432 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  38.59 
 
 		 451 aa  279  7e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  40.58 
 
 		 475 aa  276  6e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  38.18 
 
 		 456 aa  235  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  35.49 
 
 		 435 aa  200  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.52 
 
 		 322 aa  195  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  36.27 
 
 		 435 aa  190  5e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  33.76 
 
 		 451 aa  188  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 428 aa  183  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  33.42 
 
 		 444 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.37 
 
 		 450 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  34.91 
 
 		 321 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.04 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  37.04 
 
 		 449 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.04 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  37.04 
 
 		 449 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.04 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  37.04 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  35.91 
 
 		 448 aa  179  7e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  32.92 
 
 		 420 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  36.36 
 
 		 450 aa  177  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 		 429 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 479 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  35.35 
 
 		 460 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 		 458 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 		 460 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  33.22 
 
 		 451 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 		 451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  33.44 
 
 		 457 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 426 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  35.86 
 
 		 456 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  35.35 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 		 451 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  29.72 
 
 		 441 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  33.83 
 
 		 832 aa  156  8e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  32.82 
 
 		 435 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  33.53 
 
 		 452 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  32.93 
 
 		 427 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  33.44 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  32.25 
 
 		 422 aa  151  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  34.5 
 
 		 437 aa  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 845 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 461 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  34.58 
 
 		 825 aa  146  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  36.03 
 
 		 462 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 505 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 461 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  35.47 
 
 		 859 aa  143  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  34.45 
 
 		 874 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  32.71 
 
 		 291 aa  140  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.86 
 
 		 806 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  28.62 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  28.82 
 
 		 412 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 862 aa  136  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 843 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  33.72 
 
 		 427 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  33.72 
 
 		 427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 		 1235 aa  135  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  28.57 
 
 		 1144 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.18 
 
 		 795 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  30.26 
 
 		 636 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  30.26 
 
 		 636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 860 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  30.97 
 
 		 1158 aa  128  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  30.5 
 
 		 830 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 842 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 447 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 1127 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  30.8 
 
 		 753 aa  126  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  29.19 
 
 		 447 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 784 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  30.81 
 
 		 816 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  27.07 
 
 		 685 aa  123  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 		 840 aa  123  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  30.19 
 
 		 1107 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 844 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  26.91 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 637 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 843 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2215  small-conductance mechanosensitive channel-like  31.58 
 
 		 431 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0212215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  29.73 
 
 		 1115 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 847 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.31 
 
 		 472 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  28.57 
 
 		 847 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  33.16 
 
 		 825 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1108 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1108 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1108 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1108 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1108 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  29.43 
 
 		 1107 aa  119  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 752 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>