42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0102 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0102  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  563  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.293675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0081  DMT family permease  90.94 
 
 		 323 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0606  protein of unknown function DUF6 transmembrane  88.93 
 
 		 299 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.229766  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0516  hypothetical protein  86.91 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23232 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0475  hypothetical protein  80.87 
 
 		 312 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7599  hypothetical protein  78.86 
 
 		 299 aa  404  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.144581 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3628  hypothetical protein  50.68 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0830  hypothetical protein  37.71 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.53899  normal  0.456006 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3251  DMT superfamily permease  45.6 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.664822 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0072  hypothetical protein  38.13 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0891145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0798  multidrug ABC transporter permease  36.6 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2650  hypothetical protein  37.16 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3297  hypothetical protein  37.16 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5288  hypothetical protein  38.36 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2181  hypothetical protein  37.46 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0483512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1488  hypothetical protein  36.52 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.213463 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2824  hypothetical protein  35.76 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1546  ribosomal protein L35  30.67 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3822  hypothetical protein  31.93 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3138  hypothetical protein  33.22 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.934061  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3119  hypothetical protein  33.45 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0704  hypothetical protein  31.74 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0804  hypothetical protein  31.23 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3162  hypothetical protein  31.23 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0776  hypothetical protein  31.74 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2847  membrane protein  30.98 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3607  hypothetical protein  32.28 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3730  hypothetical protein  31.93 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1717  hypothetical protein  33.33 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2560  hypothetical protein  30.69 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.200966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2903  hypothetical protein  30.87 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.91197  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00853  hypothetical protein  31.21 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3539  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.93 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.826878  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0729  hypothetical protein  28.87 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3448  hypothetical protein  31.45 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0550  hypothetical protein  32.64 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.881201  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3838  drug/metabolite exporter family protein  31.53 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0125925  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0888  membrane protein  28.62 
 
 		 291 aa  102  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.704512  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1618  hypothetical protein  31.72 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.212959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3672  hypothetical protein  29.75 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.952229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38630  hypothetical protein  29.97 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2655  ribosomal protein L35  30.41 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>