144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0088 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0088  histidine triad (HIT) protein  100 
 
 		 161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348291  normal  0.0668606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0669  histidine triad (HIT) protein  89.13 
 
 		 138 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0618  histidine triad (HIT) protein  86.86 
 
 		 139 aa  247  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.619143  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4849  histidine triad (HIT) protein  83.82 
 
 		 139 aa  237  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104991  normal  0.870904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7347  hypothetical protein  84.56 
 
 		 139 aa  236  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0461  histidine triad (HIT) protein  63.04 
 
 		 138 aa  179  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0370  histidine triad (HIT) protein  61.59 
 
 		 138 aa  178  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.673964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1261  histidine triad (HIT) protein  49.22 
 
 		 143 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0545124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18650  histidine triad (HIT) family protein  47.37 
 
 		 141 aa  133  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4008  histidine triad (HIT) protein  47.69 
 
 		 165 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1401  histidine triad (HIT) protein  46.51 
 
 		 143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3986  hypothetical protein  46.83 
 
 		 143 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0356527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51860  hypothetical protein  46.92 
 
 		 209 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.393091  hitchhiker  0.00413081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4417  histidine triad (HIT) protein  46.21 
 
 		 144 aa  130  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4549  hypothetical protein  46.88 
 
 		 142 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.498263  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1207  histidine triad (HIT) protein  45.24 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1667  histidine triad (HIT) protein  47.69 
 
 		 137 aa  125  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.619204 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2685  histidine triad (HIT) protein  46.56 
 
 		 135 aa  125  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1048  histidine triad (HIT) protein  46.15 
 
 		 137 aa  124  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136733  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4211  histidine triad (HIT) protein  45.24 
 
 		 139 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1236  histidine triad (HIT) protein  44.44 
 
 		 139 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2949  histidine triad (HIT) protein  45.38 
 
 		 142 aa  118  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4398  histidine triad (HIT) protein  45.04 
 
 		 136 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0910  Pectate lyase/Amb allergen  49.11 
 
 		 155 aa  117  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000231178  decreased coverage  0.0000000980143 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6100  histidine triad (HIT) protein  44.53 
 
 		 374 aa  117  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00945728  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1704  HIT family protein  41.35 
 
 		 144 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274737  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4078  histidine triad (HIT) protein  43.61 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2867  histidine triad (HIT) protein  41.35 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2626  histidine triad (HIT) protein  46.09 
 
 		 140 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.815959 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2441  histidine triad (HIT) protein  45.6 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01245  diadenosine tetraphosphate hydrolase and other HIT family hydrolase  43.38 
 
 		 144 aa  114  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.409214  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2901  histidine triad (HIT) protein  43.41 
 
 		 146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0749971  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1663  histidine triad (HIT) protein  42.52 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0109838 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1635  histidine triad (HIT) protein  45.76 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0020  histidine triad (HIT) protein  40.62 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.089911  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1483  histidine triad (HIT) family protein  41.73 
 
 		 143 aa  112  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0478904 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4962  histidine triad (HIT) protein  47.54 
 
 		 138 aa  112  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0265226  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1662  histidine triad family protein  44.62 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01367  hypothetical protein  48.76 
 
 		 159 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0035  hypothetical protein  37.84 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.871621  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3431  histidine triad (HIT) protein  39.1 
 
 		 134 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1709  histidine triad (HIT) protein  43.7 
 
 		 136 aa  108  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00500014  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0035  hypothetical protein  42.06 
 
 		 134 aa  108  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132487  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0109  hypothetical protein  48.15 
 
 		 147 aa  107  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.648306  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2174  hypothetical protein  41.98 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0470  hypothetical protein  39.84 
 
 		 143 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2336  histidine triad (HIT) protein  38.28 
 
 		 147 aa  107  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.6925  decreased coverage  0.00924855 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004101  histidine triad family protein  43.28 
 
 		 142 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000876238  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4912  histidine triad (HIT) protein  45.53 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363403  normal  0.678464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4448  histidine triad (HIT) protein  45.53 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.678684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5002  histidine triad (HIT) protein  39.29 
 
 		 141 aa  106  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503788  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0494  hypothetical protein  38.28 
 
 		 137 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2294  histidine triad (HIT) protein  49.57 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.125873  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0687  hypothetical protein  42.11 
 
 		 147 aa  105  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4058  histidine triad (HIT) protein  39.53 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.688633  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1068  histidine triad (HIT) protein  37.31 
 
 		 137 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02549  putative HIT family hydrolase  44.23 
 
 		 111 aa  100  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1085  histidine triad (HIT) protein  43.36 
 
 		 139 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.986739 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1686  histidine triad (HIT) protein  39.32 
 
 		 159 aa  94.7  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2919  histidine triad (HIT) protein  44.34 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3650  histidine triad (HIT) protein  31.5 
 
 		 151 aa  83.6  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0428  histidine triad (HIT) protein  37.96 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0976831  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3617  histidine triad (HIT) protein  34.43 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3237  histidine triad (HIT) protein  34.71 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0530  HIT family protein  30.5 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2761  histidine triad (HIT) protein  41.94 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0184  hypothetical protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0843  HIT family hydrolase  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2122  histidine triad (HIT) protein  41.94 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.427523  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2734  histidine triad (HIT) protein  41.94 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0338  histidine triad (HIT) protein  36.84 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02755e-33 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2762  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0604748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2316  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.529616  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0665  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0681  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2396  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2785  histidine triad (HIT) protein  42.22 
 
 		 147 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.804661  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2652  histidine triad (HIT) protein  42.22 
 
 		 147 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.627712  normal  0.962372 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6061  histidine triad (HIT) protein  41.38 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1508  hypothetical protein  36.19 
 
 		 130 aa  72  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0551  HIT domain-containing protein  40.23 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0565  histidine triad (HIT) protein  41.11 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.419431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0368  histidine triad (HIT) protein  39.33 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.462248  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3912  histidine triad (HIT) protein  32.38 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000268802  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2993  histidine triad (HIT) protein  32.99 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000103081  normal  0.516918 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0357  histidine triad (HIT) protein  34.74 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00612046  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3073  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase  29.9 
 
 		 139 aa  67  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000547688  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0218  hypothetical protein  34.48 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.181658 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4131  histidine triad (HIT) protein  39.77 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190525  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2506  histidine triad (HIT) protein  32.76 
 
 		 153 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2737  hypothetical protein  38.64 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3647  histidine triad (HIT) protein  41.98 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.623715  normal  0.697861 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0779  histidine triad (HIT) protein  38 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1291  HIT family protein  37.18 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.691184  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0345  histidine triad (HIT) protein  37.08 
 
 		 150 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598088  normal  0.426855 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0455  hypothetical protein  35.96 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4052  hypothetical protein  36.36 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.663105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0330  histidine triad (HIT) protein  37.08 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1289  histidine triad (HIT) protein  40.23 
 
 		 147 aa  63.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1505  histidine triad (HIT) protein  35.16 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>