More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0079 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
245 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  93.06 
 
 
245 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  91.02 
 
 
245 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  80 
 
 
255 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  80.41 
 
 
245 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  83.27 
 
 
245 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  81.22 
 
 
245 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  66.53 
 
 
245 aa  335  3.9999999999999995e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  62.04 
 
 
246 aa  321  6e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  60.82 
 
 
248 aa  311  3.9999999999999997e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  62.04 
 
 
249 aa  306  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 
268 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  59.11 
 
 
259 aa  302  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 
247 aa  301  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 
272 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  63.27 
 
 
260 aa  300  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  61.85 
 
 
253 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  60.73 
 
 
251 aa  298  6e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  60.73 
 
 
251 aa  298  6e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 
247 aa  291  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  59.84 
 
 
250 aa  289  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 
249 aa  288  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  59.04 
 
 
252 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 
251 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  60.64 
 
 
250 aa  286  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  54.25 
 
 
247 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  56.33 
 
 
278 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 
246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 
250 aa  270  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  54.47 
 
 
254 aa  256  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 
254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
245 aa  248  5e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  55.82 
 
 
257 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  52.21 
 
 
255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  48.77 
 
 
245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 
259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  51.81 
 
 
255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 
257 aa  242  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 
258 aa  239  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  51.81 
 
 
261 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  55.47 
 
 
255 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 
261 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 
243 aa  224  1e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 
270 aa  197  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
271 aa  189  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  45.63 
 
 
274 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  44.13 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  45.27 
 
 
271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  45.27 
 
 
271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  45.24 
 
 
274 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 
274 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 
351 aa  179  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.04 
 
 
289 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
244 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 
276 aa  178  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 
269 aa  178  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
259 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
261 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 
264 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
270 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
270 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
270 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
270 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
262 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
270 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
270 aa  176  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
256 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
261 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  175  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
261 aa  175  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  42.28 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
263 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 
259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 
270 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
270 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
265 aa  171  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
269 aa  171  7.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
260 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
261 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>