79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0068 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 242 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  93.81 
 
 		 113 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  85.71 
 
 		 113 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  71.3 
 
 		 111 aa  128  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  73.15 
 
 		 111 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  68.75 
 
 		 136 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  76.4 
 
 		 95 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  42.13 
 
 		 240 aa  105  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  48.54 
 
 		 137 aa  88.6  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  45.54 
 
 		 132 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  44.35 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  46.6 
 
 		 137 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  47.62 
 
 		 106 aa  82.4  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  46.6 
 
 		 137 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  41.03 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  44.55 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  33.9 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  42.34 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  42.34 
 
 		 145 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  41.82 
 
 		 138 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  34.84 
 
 		 145 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  46.36 
 
 		 116 aa  73.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  40.71 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  38.05 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  39.45 
 
 		 133 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  43.93 
 
 		 129 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  46.73 
 
 		 120 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  45.35 
 
 		 149 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  39.22 
 
 		 121 aa  66.2  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  40.83 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  37.7 
 
 		 148 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  32.89 
 
 		 227 aa  62  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  39.09 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  46.75 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  44.44 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  43.75 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2309  ribonuclease P protein component  42.74 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal  0.100774 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  38.03 
 
 		 119 aa  54.7  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3504  ribonuclease P protein component  42.98 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  30.91 
 
 		 116 aa  53.5  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2631  ribonuclease P protein component  42.11 
 
 		 165 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88975  normal  0.0705179 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0857  ribonuclease P protein component  38.64 
 
 		 113 aa  52.4  0.000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2352  ribonuclease P protein component  42.11 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.125747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  38.71 
 
 		 134 aa  52.4  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  36.79 
 
 		 135 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  40.7 
 
 		 130 aa  51.2  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  38.04 
 
 		 131 aa  50.8  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  43.28 
 
 		 110 aa  51.2  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  29.36 
 
 		 116 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  26.17 
 
 		 113 aa  50.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  32.84 
 
 		 121 aa  49.3  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  31.48 
 
 		 154 aa  48.9  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4984  ribonuclease P protein component  37.07 
 
 		 122 aa  48.5  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  29.63 
 
 		 123 aa  48.5  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  35.94 
 
 		 121 aa  47.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  38.67 
 
 		 119 aa  47.8  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38050  ribonuclease P protein component  43.28 
 
 		 91 aa  47  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  26.85 
 
 		 121 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27030  ribonuclease P protein component  38.36 
 
 		 93 aa  46.2  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  30.19 
 
 		 111 aa  45.8  0.0006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  30.36 
 
 		 130 aa  45.4  0.0008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3116  ribonuclease P protein  33.04 
 
 		 147 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  27.36 
 
 		 115 aa  45.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  45.71 
 
 		 122 aa  44.7  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  33.82 
 
 		 116 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  37.8 
 
 		 111 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2139  ribonuclease P protein component  37 
 
 		 120 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  31.58 
 
 		 116 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0522  ribonuclease P protein  33.33 
 
 		 79 aa  43.1  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  31.58 
 
 		 116 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  43.48 
 
 		 107 aa  43.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  26 
 
 		 116 aa  42.7  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  32.88 
 
 		 110 aa  42.4  0.006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4512  ribonuclease P protein component  37.8 
 
 		 120 aa  42.4  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00356165 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  37.93 
 
 		 113 aa  42.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6077  ribonuclease P  37.38 
 
 		 119 aa  42  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0418194  normal  0.134211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  42.19 
 
 		 120 aa  42.4  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  31.76 
 
 		 125 aa  42  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5095  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 		 127 aa  42  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>