More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0064 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 
318 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  88.42 
 
 
327 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
306 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 
305 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 
293 aa  85.9  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  32.96 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  32.92 
 
 
291 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 
287 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.06 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 
318 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  40.4 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
291 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 
295 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 
346 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  30 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  31.53 
 
 
337 aa  70.1  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
296 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  37.14 
 
 
316 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 
295 aa  68.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 
204 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  24.75 
 
 
297 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 
157 aa  67  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
350 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  44.3 
 
 
336 aa  67  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 
296 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  26.59 
 
 
302 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  25.46 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
196 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 
290 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  25.15 
 
 
272 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 
311 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
282 aa  65.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  30.19 
 
 
286 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 
160 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 
345 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 
293 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 
370 aa  65.1  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 
294 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 
363 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 
300 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  31.73 
 
 
360 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
261 aa  64.7  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  22.82 
 
 
296 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 
360 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 
353 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  34.09 
 
 
320 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 
334 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  24.66 
 
 
289 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.84 
 
 
409 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  33.65 
 
 
334 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 
462 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 
300 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 
278 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
202 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  39.77 
 
 
293 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  32.32 
 
 
257 aa  63.5  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  35.45 
 
 
278 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 
291 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 
294 aa  63.9  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 
250 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 
519 aa  63.2  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 
162 aa  63.5  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  25.39 
 
 
298 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 
306 aa  63.2  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>