More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0062 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  77.18 
 
 
508 aa  777    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  80.04 
 
 
508 aa  812    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  100 
 
 
516 aa  1049    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.86 
 
 
520 aa  216  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  28.98 
 
 
547 aa  206  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.86 
 
 
548 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
546 aa  201  3e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.53 
 
 
547 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.9 
 
 
535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.76 
 
 
546 aa  197  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.13 
 
 
528 aa  197  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
546 aa  196  6e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.5 
 
 
600 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  32.78 
 
 
534 aa  196  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.86 
 
 
567 aa  195  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.84 
 
 
565 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.9 
 
 
527 aa  194  5e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  31.03 
 
 
612 aa  193  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.03 
 
 
612 aa  193  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  31.64 
 
 
474 aa  193  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.59 
 
 
546 aa  191  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  30.66 
 
 
675 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
558 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.59 
 
 
567 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.59 
 
 
546 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.24 
 
 
546 aa  188  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.59 
 
 
580 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.34 
 
 
569 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 
501 aa  179  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  29.74 
 
 
488 aa  176  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 
503 aa  176  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27 
 
 
506 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 
506 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.8 
 
 
506 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  30.79 
 
 
501 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.77 
 
 
459 aa  141  3e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
451 aa  136  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.02 
 
 
513 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.91 
 
 
545 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 
470 aa  130  7.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  26.34 
 
 
521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 
472 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.42 
 
 
441 aa  126  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 
489 aa  125  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.95 
 
 
513 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 
517 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.27 
 
 
472 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 
441 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.3 
 
 
515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 
473 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  31 
 
 
608 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.16 
 
 
609 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.59 
 
 
484 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.32 
 
 
472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.77 
 
 
612 aa  114  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 
609 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 
494 aa  110  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.02 
 
 
518 aa  110  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
494 aa  110  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
529 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.14 
 
 
523 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 
556 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.48 
 
 
681 aa  107  7e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 
487 aa  106  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.63 
 
 
494 aa  104  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 
520 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.63 
 
 
494 aa  104  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 
458 aa  104  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  26.33 
 
 
502 aa  104  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.65 
 
 
677 aa  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
603 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.88 
 
 
674 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 
484 aa  100  4e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  23.21 
 
 
552 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.62 
 
 
548 aa  99.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 
468 aa  99.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 
564 aa  98.6  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 
468 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  27.73 
 
 
557 aa  98.6  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.55 
 
 
512 aa  97.8  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  25.39 
 
 
553 aa  97.4  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  26.25 
 
 
516 aa  97.1  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.83 
 
 
521 aa  97.1  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 
520 aa  97.1  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.61 
 
 
501 aa  94.7  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.69 
 
 
563 aa  94.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 
502 aa  94.4  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  26.21 
 
 
584 aa  94.4  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  30.38 
 
 
577 aa  93.6  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  25.43 
 
 
473 aa  92.8  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 
557 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  31.77 
 
 
631 aa  92.8  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
487 aa  92.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.72 
 
 
485 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 
489 aa  91.7  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  22.26 
 
 
723 aa  91.3  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>