66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0060 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0060  regulatory protein, ArsR  100 
 
 		 126 aa  255  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2689  putative transcriptional regulator  80.8 
 
 		 126 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.515825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7857  hypothetical protein  83.19 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739073  normal  0.172696 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4062  hypothetical protein  67.5 
 
 		 147 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4430  hypothetical protein  69.91 
 
 		 147 aa  169  7.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4544  hypothetical protein  69.91 
 
 		 156 aa  167  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.234964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0470  hypothetical protein  73.68 
 
 		 120 aa  166  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1630  putative transcriptional regulator  71.05 
 
 		 120 aa  164  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.917024  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3137  hypothetical protein  56.3 
 
 		 127 aa  149  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.581839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0803  hypothetical protein  59.52 
 
 		 129 aa  147  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.80068 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0611  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  44.33 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.254501 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1698  transcriptional regulator  43.16 
 
 		 104 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354656  normal  0.781335 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1682  putative transcriptional regulator, ArsR family  42.34 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1598  putative PAS/PAC sensor protein  35.64 
 
 		 326 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0422  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1184  transcriptional regulator, ArsR family  38.89 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4890  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 98 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.040811  normal  0.40753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0081  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  39.13 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2579  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 99 aa  68.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0710  transcriptional regulator, ArsR family  43.82 
 
 		 111 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2811  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36190  hypothetical protein  41.05 
 
 		 101 aa  67  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3450  hypothetical protein  40.43 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0490383 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0952  hypothetical protein  37.5 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.411513 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1862  hypothetical protein  39.39 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361874  normal  0.015188 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1300  transcriptional regulator  38 
 
 		 106 aa  63.9  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.223469  normal  0.471432 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3014  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  33.7 
 
 		 98 aa  63.5  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0765911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4596  hypothetical protein  42.39 
 
 		 100 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0505761  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0239  hypothetical protein  31.52 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.15068  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0308  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  38.71 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.762623 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1018  putative PAS/PAC sensor protein  35.35 
 
 		 332 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.377599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4102  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 110 aa  60.1  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.404387  normal  0.0188241 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2593  hypothetical protein  35.42 
 
 		 104 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4026  hypothetical protein  37.76 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.252958 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1426  hypothetical protein  35.56 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2000  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1114  regulatory protein MarR  40.22 
 
 		 102 aa  58.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0481626  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1252  putative PAS/PAC sensor protein  30.85 
 
 		 303 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2225  hypothetical protein  37.5 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123017 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1028  putative PAS/PAC sensor protein  29.73 
 
 		 330 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5191  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 		 113 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0331978  normal  0.592256 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1165  hypothetical protein  37.5 
 
 		 113 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1247  putative PAS/PAC sensor protein  30.85 
 
 		 327 aa  57  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.977121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1413  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 112 aa  57  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.946834  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0889  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  57  0.00000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.343594  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0230  putative PAS/PAC sensor protein  33.72 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4140  hypothetical protein  38.04 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.609006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5349  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  34.04 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.399116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4065  hypothetical protein  37.36 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.686189  normal  0.326424 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3477  MarR/EmrR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 98 aa  50.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0139  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0562  putative PAS/PAC sensor protein  32.97 
 
 		 332 aa  49.3  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0592  transcriptional regulator, ArsR family  36.26 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.751987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1413  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  31.52 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22783  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4271  hypothetical protein  33.72 
 
 		 114 aa  49.7  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.350717  normal  0.351031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1599  ArsR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.556289  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0125  transcriptional regulator, MarR family  31.63 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0494  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 163 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.143828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0548  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0542842  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2840  transcriptional regulator, ArsR family  28.57 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1352  transcriptional regulator, ArsR family  31.4 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.182081  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2191  regulatory protein, ArsR  34.23 
 
 		 138 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1486  hypothetical protein  29 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0003803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6424  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  35.96 
 
 		 102 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00764846 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0328  ArsR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.018451 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0771  hypothetical protein  36.51 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>