86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0057 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0057  hypothetical protein  100 
 
 		 100 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1288  hypothetical protein  49.11 
 
 		 105 aa  97.1  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3513  hypothetical protein  50.48 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1879  hypothetical protein  41.75 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2585  hypothetical protein  39.05 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2753  hypothetical protein  37.93 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2909  hypothetical protein  37.93 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0736581  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1136  hypothetical protein  37.93 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.550312  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1233  hypothetical protein  44.09 
 
 		 100 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.114202  normal  0.479813 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1179  hypothetical protein  38 
 
 		 87 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.968454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1298  hypothetical protein  38 
 
 		 87 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1877  hypothetical protein  37.86 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1970  hypothetical protein  40.21 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000806242  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1364  hypothetical protein  31.43 
 
 		 105 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4404  hypothetical protein  40.22 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1152  hypothetical protein  45.56 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.413273 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1165  hypothetical protein  35 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.920968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1283  hypothetical protein  34.95 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.51451  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0116  hypothetical protein  57.5 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.271016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2217  hypothetical protein  36.46 
 
 		 80 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4535  hypothetical protein  37.76 
 
 		 95 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0785108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0806  hypothetical protein  36.08 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0313  hypothetical protein  37.96 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0108268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1568  hypothetical protein  33.33 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.714703  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1144  hypothetical protein  33.33 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.367251  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1368  hypothetical protein  37 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0478882  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0810  hypothetical protein  35.92 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4107  hypothetical protein  38.46 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.616436  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1140  hypothetical protein  42.39 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3607  hypothetical protein  39.18 
 
 		 82 aa  57.8  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1144  putative cytoplasmic protein  31.91 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0125  hypothetical protein  34.44 
 
 		 85 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.188144  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1702  hypothetical protein  33.33 
 
 		 101 aa  57.4  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.14705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1197  hypothetical protein  41.38 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.7578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5308  hypothetical protein  38.18 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.643956  normal  0.0553177 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0566  hypothetical protein  60 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.263576  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0780  hypothetical protein  41 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0087  hypothetical protein  52.5 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1261  hypothetical protein  41 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0285335  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0569  hypothetical protein  38.55 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1138  hypothetical protein  42.67 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4114  hypothetical protein  60.53 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1727  hypothetical protein  37.14 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.303843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3108  hypothetical protein  53.66 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.468234  normal  0.932148 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4551  hypothetical protein  55.81 
 
 		 123 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.803955  normal  0.544019 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0900  hypothetical protein  31.43 
 
 		 104 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010682  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2057  hypothetical protein  42.55 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3667  hypothetical protein  55 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.16173  hitchhiker  0.0000117382 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5063  hypothetical protein  55.81 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0263  hypothetical protein  37.23 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134746  normal  0.0540828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7424  hypothetical protein  44.23 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0936511 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1166  hypothetical protein  52.5 
 
 		 135 aa  51.6  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.939794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2180  hypothetical protein  52.5 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.543398  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5519  hypothetical protein  53.19 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.191566  normal  0.0531985 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1937  hypothetical protein  46.94 
 
 		 106 aa  50.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0979106  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2278  hypothetical protein  53.85 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0276455 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5083  hypothetical protein  51.28 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.369723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4995  hypothetical protein  51.28 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.429337  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5376  hypothetical protein  51.28 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.623079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1948  hypothetical protein  50 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6467  hypothetical protein  47.5 
 
 		 123 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.173935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2058  hypothetical protein  50 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.890289  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4487  hypothetical protein  31.63 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6779  hypothetical protein  40.68 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5622  hypothetical protein  51.28 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.876821  normal  0.731679 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4967  hypothetical protein  48.72 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3217  hypothetical protein  43.64 
 
 		 91 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.843034  normal  0.92847 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02460  hypothetical protein  40 
 
 		 133 aa  47.4  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.583126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1725  hypothetical protein  44.19 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000807402  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1913  hypothetical protein  47.62 
 
 		 85 aa  47  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3949  hypothetical protein  45 
 
 		 128 aa  47  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4450  hypothetical protein  44.44 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.764771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4190  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00787541  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1333  hypothetical protein  31.08 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000180232  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1469  hypothetical protein  35.29 
 
 		 126 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000239156  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1585  hypothetical protein  29.73 
 
 		 127 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000438313  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2846  hypothetical protein  32.04 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4344  hypothetical protein  40.48 
 
 		 111 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4322  hypothetical protein  40.48 
 
 		 111 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2256  hypothetical protein  34.18 
 
 		 82 aa  43.5  0.0009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.225445  normal  0.0487105 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1458  hypothetical protein  43.18 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  46.88 
 
 		 362 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0522  hypothetical protein  43.18 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.693069  normal  0.291544 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6625  hypothetical protein  40.91 
 
 		 97 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4340  hypothetical protein  43.24 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180784  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  38.78 
 
 		 360 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>