228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0056 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0056  integral membrane protein TerC  100 
 
 		 329 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1025  Integral membrane protein TerC  71.34 
 
 		 327 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5359  TerC family protein  67.79 
 
 		 325 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.114229  hitchhiker  0.00169974 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3347  integral membrane protein TerC  64.83 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0390  integral membrane protein TerC  64.65 
 
 		 354 aa  407  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0875594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1926  transporter  64.29 
 
 		 352 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2606  integral membrane protein TerC  62.81 
 
 		 327 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3680  integral membrane protein TerC  62.31 
 
 		 330 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0942  integral membrane protein TerC  59.33 
 
 		 328 aa  385  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3062  integral membrane protein TerC  61.76 
 
 		 354 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0416562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3199  integral membrane protein TerC  58.26 
 
 		 329 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31610  TerC family protein  62.81 
 
 		 347 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0594051 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2008  integral membrane protein TerC  61.8 
 
 		 344 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0222851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2086  integral membrane protein TerC  60.38 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2440  integral membrane protein TerC  61.27 
 
 		 327 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127814  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2688  hypothetical protein  62.81 
 
 		 346 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2438  hypothetical protein  59.27 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3305  TerC family membrane protein  59.5 
 
 		 327 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2438  integral membrane protein TerC  63.06 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3257  integral membrane protein TerC  60.5 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0806  Integral membrane protein TerC  60.49 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0840  Integral membrane protein TerC  60.8 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.251976  hitchhiker  0.00983722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0880  integral membrane protein TerC  60.8 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.148289 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2993  integral membrane protein TerC  56.21 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4372  integral membrane protein TerC  62.39 
 
 		 341 aa  360  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1557  integral membrane protein TerC  58.02 
 
 		 328 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1747  hypothetical protein  57.72 
 
 		 325 aa  358  9e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2793  Integral membrane protein TerC  57.72 
 
 		 328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.611411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2710  integral membrane protein TerC  57.98 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1553  integral membrane protein TerC  57.72 
 
 		 328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.729834  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4279  hypothetical protein  57.41 
 
 		 325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2543  integral membrane protein TerC  57.98 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2610  integral membrane protein TerC  57.98 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10570  Integral membrane protein TerC family  61.37 
 
 		 334 aa  355  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1586  integral membrane protein TerC  57.41 
 
 		 328 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1451  integral membrane protein TerC  57.41 
 
 		 328 aa  350  1e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33470  Integral membrane protein TerC family  61.44 
 
 		 324 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4912  Integral membrane protein TerC  62.85 
 
 		 341 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0595936  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1240  Integral membrane protein TerC  50 
 
 		 338 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0237698 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1946  Integral membrane protein TerC  46.67 
 
 		 337 aa  291  8e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.683729  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2384  integral membrane protein TerC  48.69 
 
 		 359 aa  289  6e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0331794  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2138  hypothetical protein  47.17 
 
 		 317 aa  286  4e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1438  integral membrane protein TerC  48.56 
 
 		 329 aa  282  4.0000000000000003e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2113  hypothetical protein  47.47 
 
 		 317 aa  280  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4156  integral membrane protein TerC  48.71 
 
 		 323 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0016  integral membrane protein TerC  48.05 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3259  integral membrane protein TerC  46.46 
 
 		 325 aa  278  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0543  Integral membrane protein TerC  47.94 
 
 		 328 aa  278  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0514  integral membrane protein TerC  47.94 
 
 		 328 aa  277  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.139671  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0168  integral membrane protein TerC  46.2 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000120388  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2034  Integral membrane protein TerC  49.2 
 
 		 334 aa  276  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1576  Integral membrane protein TerC  50 
 
 		 325 aa  273  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2602  hypothetical protein  48.6 
 
 		 325 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.127831  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2919  Integral membrane protein TerC  46.58 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000105664  normal  0.323377 
 
 
-
 
NC_002936  DET0184  TerC family membrane protein  44.55 
 
 		 321 aa  272  5.000000000000001e-72  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.36035  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_173  membrane protein, TerC family  46.92 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0331  integral membrane protein TerC  47.91 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0265  Integral membrane protein TerC  49.37 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0547  Integral membrane protein TerC  47.3 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1705  integral membrane protein TerC  45.74 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2303  integral membrane protein TerC  48.68 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1793  integral membrane protein TerC  45.25 
 
 		 318 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3507  Integral membrane protein TerC  45.48 
 
 		 317 aa  259  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0751  Integral membrane protein TerC  46.11 
 
 		 317 aa  259  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2016  integral membrane protein TerC  46.85 
 
 		 320 aa  258  7e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1947  Integral membrane protein TerC  46.53 
 
 		 320 aa  258  9e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.204992  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0534  Integral membrane protein TerC  45.48 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1862  Integral membrane protein TerC  46.18 
 
 		 320 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.201743  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3485  inner membrane protein alx  43.16 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2416  Integral membrane protein TerC  44.48 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3555  protein Alx  45.43 
 
 		 321 aa  256  5e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0510  hypothetical protein  44.24 
 
 		 316 aa  255  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4461  integral membrane protein TerC  44.44 
 
 		 334 aa  255  6e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105782 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0083  Integral membrane protein TerC  47.57 
 
 		 344 aa  255  8e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02907  hypothetical protein  45.11 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3415  inner membrane protein alx  42.86 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3270  protein Alx  45.11 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3524  protein Alx  45.11 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02957  predicted inner membrane protein, part of terminus  45.11 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0613  Integral membrane protein TerC  45.11 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3632  Integral membrane protein TerC  44.83 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0612  integral membrane protein TerC  45.11 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3519  hypothetical protein  42.86 
 
 		 322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.742561  hitchhiker  0.000693905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3380  protein Alx  45.11 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.568911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3581  inner membrane protein alx  42.86 
 
 		 322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.081228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4403  protein Alx  45.11 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.49414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3412  inner membrane protein alx  42.34 
 
 		 337 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0291  integral membrane protein TerC  46.62 
 
 		 308 aa  252  6e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03496  export protein  46.88 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1155  integral membrane protein TerC  40.38 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000825766  normal  0.0331018 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0855  TerC family membrane protein  40.97 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0835081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3381  Integral membrane protein TerC  46.73 
 
 		 319 aa  248  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0923  integral membrane protein TerC  43.14 
 
 		 322 aa  245  6e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3613  integral membrane protein TerC  46.84 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0968  Integral membrane protein TerC  41.53 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.562577 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3859  integral membrane protein TerC  45.43 
 
 		 327 aa  242  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.891237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3132  Integral membrane protein TerC  45.43 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10498  membrane protein, TerC family protein  40 
 
 		 322 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3543  integral membrane protein TerC  43.47 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.45062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5015  Integral membrane protein TerC  44.76 
 
 		 344 aa  239  5.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>