More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0053 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  45.55 
 
 		 289 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 652 aa  215  5e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  42.7 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.56 
 
 		 290 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  42.6 
 
 		 285 aa  204  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  42.75 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  43.37 
 
 		 286 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4700  inner-membrane translocator  45.74 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.365465  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 287 aa  191  8e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 287 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  42.6 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3575  inner-membrane translocator  41.64 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.11 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 290 aa  178  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.37 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  42.96 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  38.54 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  42.96 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.88 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2931  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  37.77 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 286 aa  171  9e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  35.07 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  37 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  39.07 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.68 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  39.65 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 283 aa  168  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3902  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  41.26 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83606  normal  0.194602 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3830  inner-membrane translocator  41.88 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.84807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4907  inner-membrane translocator  41.88 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2867  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.957765 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6726  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  41.88 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>