More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0046 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 247 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  42.58 
 
 		 218 aa  146  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 		 250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 253 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 250 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 215 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 233 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  37.68 
 
 		 259 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 234 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 227 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 204 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 216 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 230 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 225 aa  95.9  6e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 237 aa  92  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 216 aa  89.7  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 221 aa  90.1  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 293 aa  89  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  37.58 
 
 		 216 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 227 aa  86.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 222 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 244 aa  85.1  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  34.34 
 
 		 212 aa  85.1  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.64 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.94 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  29.87 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.95 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  29.1 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1252  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.148319  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2875  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  28.21 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>