More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0042 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0042  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 640 aa  1316    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 584 aa  280  5e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 525 aa  264  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 551 aa  263  6e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 532 aa  261  3e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 499 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  33.02 
 
 		 571 aa  256  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  32.47 
 
 		 571 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 539 aa  253  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 587 aa  253  8.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  32.47 
 
 		 571 aa  253  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 505 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.58 
 
 		 503 aa  250  7e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 530 aa  249  8e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 520 aa  249  9e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 528 aa  249  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 515 aa  249  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 515 aa  249  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  32.58 
 
 		 565 aa  248  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  31.44 
 
 		 591 aa  247  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 518 aa  247  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  31.52 
 
 		 575 aa  246  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 520 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 526 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  32.52 
 
 		 576 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 570 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.33 
 
 		 576 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  32.2 
 
 		 564 aa  244  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 582 aa  242  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  34.37 
 
 		 531 aa  242  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 555 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 578 aa  240  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  30.8 
 
 		 575 aa  239  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 518 aa  238  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 512 aa  238  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 490 aa  238  4e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  33.53 
 
 		 516 aa  237  5.0000000000000005e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 525 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 511 aa  237  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 770 aa  237  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  30.84 
 
 		 601 aa  236  7e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 553 aa  236  7e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  30.67 
 
 		 552 aa  236  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  29.76 
 
 		 596 aa  236  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 		 516 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  30.58 
 
 		 575 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 512 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.09 
 
 		 514 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 504 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  30.78 
 
 		 570 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  31.33 
 
 		 575 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  30.39 
 
 		 575 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  31.03 
 
 		 560 aa  234  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  30.39 
 
 		 575 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 518 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 569 aa  234  4.0000000000000004e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.01 
 
 		 512 aa  234  5e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  31.21 
 
 		 522 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  31.65 
 
 		 575 aa  234  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.57 
 
 		 579 aa  233  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  28.89 
 
 		 544 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 521 aa  233  8.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 		 520 aa  232  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 518 aa  232  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  32.1 
 
 		 538 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 501 aa  232  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  30.78 
 
 		 552 aa  232  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  29.37 
 
 		 549 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 515 aa  231  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  30.08 
 
 		 549 aa  231  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  28.65 
 
 		 602 aa  231  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  28.65 
 
 		 584 aa  230  5e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  31.48 
 
 		 576 aa  230  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  29.89 
 
 		 549 aa  230  6e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 1043 aa  230  7e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 862 aa  229  8e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  30.21 
 
 		 576 aa  229  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 515 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 577 aa  229  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 584 aa  229  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0580  AMP-binding domain protein  30.7 
 
 		 576 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.566618  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  30.71 
 
 		 576 aa  229  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  31.68 
 
 		 522 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.62 
 
 		 525 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 534 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  32.62 
 
 		 537 aa  228  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  31.02 
 
 		 564 aa  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 518 aa  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.57 
 
 		 525 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  32.62 
 
 		 537 aa  228  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  32.62 
 
 		 537 aa  228  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  30.19 
 
 		 574 aa  227  4e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 566 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 514 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>