More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4851 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4851  PfkB  100 
 
 		 309 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  69.38 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0460  PfkB  67.11 
 
 		 308 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.413409  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0671  PfkB  67.54 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0090  PfkB  66.89 
 
 		 309 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5471  PfkB domain protein  39.39 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.784292 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5201  PfkB domain protein  37.67 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal  0.135366 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  39.27 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  32.67 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  32.67 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  32.67 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  32.67 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  32.67 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  33.79 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  33.79 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  33.79 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  33.79 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  33.79 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  33.1 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  32 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  31.67 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  31.67 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0358  ribokinase-like domain-containing protein  33.56 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2455  PfkB domain-containing protein  37.16 
 
 		 282 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.287722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  33.77 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  33.22 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0799  ribokinase-like domain-containing protein  36.49 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  28.05 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1019  PfkB domain protein  31.67 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.485278 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  30 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  31.95 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  31.95 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  21.61 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  24.92 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  27.72 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  29.77 
 
 		 310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  30.64 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  30.62 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  32.89 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  32.99 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  25 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  25.22 
 
 		 345 aa  93.2  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  30.96 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  29.77 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  30.19 
 
 		 308 aa  92.4  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.66 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1648  PfkB  29.75 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  29.04 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  30.29 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  24.59 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2496  kinase, pfkB family  26.98 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  30.03 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  24.6 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5483  PfkB domain protein  31.19 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.235286 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  29.08 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  29.9 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  24.92 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  24.92 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  28.2 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  24.92 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  24.76 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  24.59 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  26.96 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  27.02 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  24.59 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0034  PfkB domain protein  27.21 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0204225  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  26.96 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  24.83 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  25.17 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  25.87 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  25.17 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  26.96 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  29.25 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  26.96 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2838  putative sugar kinase  28.66 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  26.96 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1805  PfkB  28.57 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.512756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  25.5 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1488  PfkB  25.09 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  26.33 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  30.26 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0662  PfkB domain-containing protein  26.55 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.478793  normal  0.638402 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  23.93 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  28.48 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  29.13 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  32.46 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  32.46 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  27.1 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  29.17 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  30.39 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  26.92 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2413  PfkB domain protein  28.82 
 
 		 642 aa  80.1  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  27.88 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  27.88 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  21.94 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  26.13 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5220  PfkB domain protein  31.42 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.946183  normal  0.655823 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  28.79 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  27.56 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  25.57 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>