188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4826 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  100 
 
 		 251 aa  500  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  69.96 
 
 		 242 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  72.38 
 
 		 238 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  70.49 
 
 		 243 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  61.73 
 
 		 236 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  60.25 
 
 		 237 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  59.02 
 
 		 237 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  58.13 
 
 		 240 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  58.59 
 
 		 245 aa  250  2e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  57.02 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  58.7 
 
 		 241 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  55.33 
 
 		 243 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  54.26 
 
 		 209 aa  209  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  59.63 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  55.23 
 
 		 241 aa  192  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  49.48 
 
 		 193 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  44.71 
 
 		 247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  45.49 
 
 		 237 aa  141  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  43.53 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  44.13 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  41.5 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  38.08 
 
 		 453 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  40.96 
 
 		 274 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  40.65 
 
 		 447 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  37.45 
 
 		 452 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  40.49 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  36.22 
 
 		 251 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  38.2 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  37.86 
 
 		 254 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  37.04 
 
 		 454 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  36.92 
 
 		 449 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  38.14 
 
 		 449 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  37.19 
 
 		 212 aa  105  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  36.64 
 
 		 559 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  34.77 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  35.56 
 
 		 562 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  39.29 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  34.84 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  37.31 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  36.64 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  36.05 
 
 		 997 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  36.86 
 
 		 561 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  31.72 
 
 		 566 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  34.23 
 
 		 570 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  34.65 
 
 		 207 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  35.47 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.47 
 
 		 710 aa  95.1  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.51 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  36.03 
 
 		 570 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  34.87 
 
 		 692 aa  94  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  34.35 
 
 		 255 aa  94  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  35.63 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.4 
 
 		 240 aa  93.2  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  38.33 
 
 		 235 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  37.2 
 
 		 257 aa  92.4  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.21 
 
 		 258 aa  91.7  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  35.27 
 
 		 206 aa  91.7  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  34.34 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  37.07 
 
 		 236 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.78 
 
 		 652 aa  89  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  34.24 
 
 		 578 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  31.76 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  31.76 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.95 
 
 		 262 aa  85.9  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  32.34 
 
 		 228 aa  85.5  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  33.33 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.32 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  36 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.2 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  34.58 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  32.89 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  32.14 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  35.41 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.57 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.63 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  33.19 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  34.65 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.61 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  32.54 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.81 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.92 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.18 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  31.23 
 
 		 571 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  31.19 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  31.56 
 
 		 645 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  32.79 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  33.64 
 
 		 207 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  32.47 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.66 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  31.94 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  31.19 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  32.31 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.22 
 
 		 693 aa  75.9  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  32.66 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  31.02 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  29.41 
 
 		 661 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  28.26 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  32.43 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  35.03 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  29.44 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>