More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4744 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  100 
 
 
346 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  66.86 
 
 
345 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  64.12 
 
 
371 aa  422  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  68.12 
 
 
346 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  66.95 
 
 
347 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  65.9 
 
 
346 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  60.11 
 
 
358 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.31 
 
 
368 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.22 
 
 
400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.46 
 
 
339 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.82 
 
 
345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.76 
 
 
377 aa  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.19 
 
 
443 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.35 
 
 
434 aa  168  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.42 
 
 
347 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  33.59 
 
 
433 aa  156  4e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.38 
 
 
342 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.09 
 
 
342 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.49 
 
 
417 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.83 
 
 
344 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.85 
 
 
422 aa  153  5e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.31 
 
 
409 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  42.35 
 
 
412 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.35 
 
 
412 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.58 
 
 
430 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  31.8 
 
 
431 aa  138  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.58 
 
 
412 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.85 
 
 
450 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  47.43 
 
 
462 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  44.2 
 
 
448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.75 
 
 
448 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.53 
 
 
456 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.04 
 
 
454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.61 
 
 
326 aa  125  8.000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.32 
 
 
446 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  38.22 
 
 
454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.33 
 
 
453 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.2 
 
 
321 aa  119  9e-26  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 
491 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42 
 
 
492 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.98 
 
 
464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.98 
 
 
464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
470 aa  109  7.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.22 
 
 
509 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.07 
 
 
476 aa  106  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.66 
 
 
344 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  36.61 
 
 
427 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.54 
 
 
423 aa  102  7e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.85 
 
 
476 aa  102  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.08 
 
 
464 aa  101  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 
476 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  34.93 
 
 
445 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.29 
 
 
444 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  35.68 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  35.68 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.65 
 
 
468 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.45 
 
 
481 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.89 
 
 
333 aa  100  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.39 
 
 
372 aa  99.8  7e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.18 
 
 
388 aa  99.4  8e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.84 
 
 
455 aa  99.4  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.01 
 
 
349 aa  99.4  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  35.18 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  35.18 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  24.55 
 
 
431 aa  99  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  24.55 
 
 
431 aa  99  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  35.18 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
472 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.82 
 
 
326 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.34 
 
 
442 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  31.84 
 
 
484 aa  96.7  5e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.24 
 
 
358 aa  96.7  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  44 
 
 
284 aa  95.9  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.74 
 
 
460 aa  95.9  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.56 
 
 
338 aa  95.1  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.16 
 
 
442 aa  95.1  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.74 
 
 
460 aa  95.9  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.74 
 
 
451 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.77 
 
 
462 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.78 
 
 
324 aa  94.4  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  36.32 
 
 
458 aa  94.7  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.44 
 
 
487 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.77 
 
 
427 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.79 
 
 
455 aa  94.7  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 
334 aa  94  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.94 
 
 
425 aa  94  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.49 
 
 
464 aa  94  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 
440 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.89 
 
 
390 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.21 
 
 
311 aa  94  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  25.4 
 
 
401 aa  94  4e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.11 
 
 
524 aa  93.6  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.83 
 
 
344 aa  93.2  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.13 
 
 
486 aa  93.2  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4508  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.51 
 
 
319 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.493535  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.57 
 
 
425 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>