More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4575 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  57.99 
 
 
673 aa  673    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  58.12 
 
 
679 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  54.93 
 
 
673 aa  687    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  100 
 
 
671 aa  1314    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  51.81 
 
 
672 aa  624  1e-177  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  51.19 
 
 
672 aa  617  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  51.19 
 
 
672 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  50.9 
 
 
672 aa  615  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  50.9 
 
 
672 aa  615  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  50.9 
 
 
672 aa  615  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  50.9 
 
 
672 aa  615  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  40.7 
 
 
655 aa  422  1e-117  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  39.53 
 
 
655 aa  414  1e-114  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  41.8 
 
 
683 aa  402  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.6 
 
 
661 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  37.79 
 
 
662 aa  385  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  40.38 
 
 
669 aa  371  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  37.86 
 
 
608 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  33.93 
 
 
650 aa  363  7.0000000000000005e-99  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  37.69 
 
 
608 aa  362  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  37.52 
 
 
608 aa  362  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  37.69 
 
 
608 aa  362  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  37.69 
 
 
608 aa  361  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  37.69 
 
 
608 aa  362  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  37.69 
 
 
608 aa  362  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  38.83 
 
 
608 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  41.4 
 
 
668 aa  353  7e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  39.04 
 
 
748 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  41.13 
 
 
737 aa  348  2e-94  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.82 
 
 
688 aa  345  2e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  39.34 
 
 
662 aa  344  4e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  37.08 
 
 
669 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  38.1 
 
 
674 aa  340  5e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  38.01 
 
 
608 aa  340  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  36.12 
 
 
608 aa  340  7e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  38.01 
 
 
608 aa  339  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  38.01 
 
 
608 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  43.41 
 
 
654 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.78 
 
 
660 aa  338  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  37.15 
 
 
644 aa  335  1e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  37.83 
 
 
608 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  36.09 
 
 
644 aa  333  9e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.57 
 
 
669 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  36.23 
 
 
649 aa  327  3e-88  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.62 
 
 
646 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  37.36 
 
 
666 aa  326  8.000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  38.34 
 
 
669 aa  326  9e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  37.63 
 
 
617 aa  325  1e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  42 
 
 
687 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  38.65 
 
 
669 aa  324  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  38.46 
 
 
577 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  37.14 
 
 
674 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  36.62 
 
 
669 aa  316  9e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  40.45 
 
 
681 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  40.99 
 
 
622 aa  316  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  36.92 
 
 
668 aa  312  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  37.27 
 
 
667 aa  312  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  37.21 
 
 
674 aa  312  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  47.98 
 
 
654 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38 
 
 
674 aa  311  4e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  36.27 
 
 
669 aa  309  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  37.58 
 
 
668 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  37.58 
 
 
668 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  42.13 
 
 
672 aa  306  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  34.42 
 
 
637 aa  306  1.0000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.91 
 
 
666 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.19 
 
 
661 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  41.28 
 
 
672 aa  303  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  38.52 
 
 
723 aa  301  3e-80  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.23 
 
 
666 aa  297  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  40.26 
 
 
663 aa  297  5e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  48.74 
 
 
654 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  38.04 
 
 
671 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  48.23 
 
 
654 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  33.11 
 
 
643 aa  289  1e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.85 
 
 
659 aa  289  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.29 
 
 
662 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.93 
 
 
659 aa  286  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  36.16 
 
 
674 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  35.29 
 
 
646 aa  281  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  31.83 
 
 
633 aa  280  7e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  44.23 
 
 
665 aa  280  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  42.75 
 
 
666 aa  276  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  44.76 
 
 
666 aa  272  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  37.97 
 
 
660 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  37.97 
 
 
660 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  38.39 
 
 
665 aa  267  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  35.84 
 
 
640 aa  261  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  37.52 
 
 
664 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  35.95 
 
 
682 aa  240  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  34.07 
 
 
671 aa  234  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  34.7 
 
 
748 aa  224  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  36.24 
 
 
487 aa  209  2e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.03 
 
 
525 aa  206  1e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.52 
 
 
522 aa  204  5e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  35.14 
 
 
1264 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  32.89 
 
 
1265 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  42.99 
 
 
670 aa  198  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  34.41 
 
 
1245 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  28.45 
 
 
633 aa  195  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>