More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4493 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 
300 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  58.42 
 
 
293 aa  322  6e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  54.52 
 
 
322 aa  318  7e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  56.91 
 
 
345 aa  316  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  55.45 
 
 
328 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.33 
 
 
290 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  9e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  53.99 
 
 
323 aa  309  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  53.85 
 
 
345 aa  309  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  54.86 
 
 
267 aa  308  6.999999999999999e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  54.86 
 
 
266 aa  308  9e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  54.95 
 
 
300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  55.3 
 
 
326 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.03 
 
 
290 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 
290 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 
290 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 
290 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54 
 
 
290 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  54.61 
 
 
289 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  63.16 
 
 
307 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  68.35 
 
 
301 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  54.28 
 
 
289 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  48.92 
 
 
352 aa  296  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  62.5 
 
 
303 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.9 
 
 
287 aa  291  9e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  61.14 
 
 
321 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  52.73 
 
 
306 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  54.15 
 
 
315 aa  286  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  52.74 
 
 
264 aa  285  9e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  53.58 
 
 
312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  51.88 
 
 
292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  62.61 
 
 
394 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  61.74 
 
 
407 aa  278  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  53.11 
 
 
313 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  63.39 
 
 
263 aa  275  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  63.72 
 
 
268 aa  275  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  47.16 
 
 
284 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  47.16 
 
 
284 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  61.4 
 
 
318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  47.78 
 
 
281 aa  271  1e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  60.63 
 
 
294 aa  268  8e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  46.51 
 
 
303 aa  268  8.999999999999999e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  48.7 
 
 
305 aa  267  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  53.73 
 
 
257 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  46 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  45.42 
 
 
267 aa  264  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  46.2 
 
 
292 aa  262  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  61.97 
 
 
269 aa  262  6e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  58.33 
 
 
313 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1174  hydrogenase accessory protein HypB  63.6 
 
 
312 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150463  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  60.56 
 
 
267 aa  260  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  46.2 
 
 
319 aa  259  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  46.82 
 
 
288 aa  258  7e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  62.02 
 
 
286 aa  258  7e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  59.24 
 
 
276 aa  256  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  61.43 
 
 
263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  59.28 
 
 
254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  60.95 
 
 
261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  60.95 
 
 
261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  60.58 
 
 
237 aa  252  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  54.81 
 
 
284 aa  251  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  59.81 
 
 
244 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  59.33 
 
 
270 aa  249  5e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  48.97 
 
 
268 aa  248  6e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  60.19 
 
 
275 aa  248  9e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  45.7 
 
 
264 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  56.6 
 
 
253 aa  245  6e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  56.28 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  56.6 
 
 
283 aa  242  7e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  57.73 
 
 
303 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  58.1 
 
 
269 aa  241  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  50.4 
 
 
283 aa  241  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  55.81 
 
 
282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  56.87 
 
 
273 aa  239  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.9 
 
 
252 aa  238  9e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.86 
 
 
252 aa  235  7e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  56.67 
 
 
270 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  42.47 
 
 
283 aa  231  8.000000000000001e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  52.86 
 
 
273 aa  229  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  54.07 
 
 
218 aa  227  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  52.66 
 
 
224 aa  226  4e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  40.75 
 
 
270 aa  223  2e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  53.99 
 
 
239 aa  223  3e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  51.44 
 
 
225 aa  222  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  47.33 
 
 
254 aa  222  6e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  52.66 
 
 
220 aa  222  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  50.7 
 
 
222 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 
218 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  53.14 
 
 
219 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  47.49 
 
 
278 aa  217  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  49.76 
 
 
224 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  43.24 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  47.27 
 
 
247 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>