More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4484 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  55.35 
 
 		 742 aa  786    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  53.95 
 
 		 734 aa  768    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  54.98 
 
 		 737 aa  780    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 726 aa  1479    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  54.16 
 
 		 736 aa  780    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  56.47 
 
 		 727 aa  802    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  39.55 
 
 		 700 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  38.68 
 
 		 713 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  39.27 
 
 		 698 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  38.1 
 
 		 715 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  36.82 
 
 		 716 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 733 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  38.57 
 
 		 717 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  37.26 
 
 		 714 aa  446  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 702 aa  438  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 		 706 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 681 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  36.01 
 
 		 681 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  37.68 
 
 		 664 aa  361  3e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  34.98 
 
 		 692 aa  354  2.9999999999999997e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  35.3 
 
 		 678 aa  352  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  34.14 
 
 		 712 aa  311  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 690 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  34.81 
 
 		 690 aa  306  7e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 		 688 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 718 aa  292  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 702 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  33.04 
 
 		 715 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 800 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 708 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 740 aa  244  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 720 aa  243  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 785 aa  241  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 787 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 786 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 739 aa  223  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  29.93 
 
 		 712 aa  217  8e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.9 
 
 		 728 aa  175  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 694 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 680 aa  162  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 688 aa  159  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 700 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 681 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 700 aa  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 700 aa  155  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 700 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 675 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 700 aa  155  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 700 aa  154  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.02 
 
 		 700 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 700 aa  152  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.02 
 
 		 700 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 678 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 715 aa  148  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.32 
 
 		 701 aa  147  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.67 
 
 		 726 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  25.6 
 
 		 706 aa  147  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 770 aa  146  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.6 
 
 		 706 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  25.8 
 
 		 710 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 706 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.58 
 
 		 706 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  25.46 
 
 		 706 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 709 aa  144  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.47 
 
 		 721 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 705 aa  141  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 742 aa  140  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 778 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 706 aa  140  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 774 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 731 aa  134  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 780 aa  134  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 769 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 723 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 720 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 697 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 705 aa  115  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 776 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 701 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 791 aa  111  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 776 aa  108  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 688 aa  108  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 777 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 777 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 791 aa  106  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 777 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 700 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 691 aa  100  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  24.42 
 
 		 703 aa  99.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.16 
 
 		 712 aa  99.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  21.54 
 
 		 688 aa  97.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  33.2 
 
 		 797 aa  94.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 682 aa  94.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  20.25 
 
 		 696 aa  93.2  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 723 aa  92  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.32 
 
 		 762 aa  90.9  7e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 848 aa  90.9  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  22.19 
 
 		 736 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.02 
 
 		 788 aa  88.6  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.07 
 
 		 705 aa  84.7  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>