More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4451 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  100 
 
 		 397 aa  803    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5089  cysteine desulfurase NifS  73.47 
 
 		 410 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1085  aminotransferase, class V  71.58 
 
 		 407 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0981  aminotransferase, class V  70.54 
 
 		 407 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  64.57 
 
 		 400 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  62.89 
 
 		 400 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3581  cysteine desulfurase NifS  66.58 
 
 		 404 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.157563  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3620  cysteine desulfurase NifS  64.95 
 
 		 400 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.190149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1515  aminotransferase, class V:aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  61.14 
 
 		 404 aa  490  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.894831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1507  cysteine desulfurase  59.54 
 
 		 402 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1225  cysteine desulfurase NifS  59.44 
 
 		 397 aa  475  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000944956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01630  Nitrogen fixation cysteine desulfurase, nifS  58.81 
 
 		 402 aa  468  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  59.38 
 
 		 387 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0504  cysteine desulfurase NifS  57.66 
 
 		 402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  55.81 
 
 		 400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  60.94 
 
 		 387 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  60.68 
 
 		 388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  55.38 
 
 		 400 aa  432  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  56.77 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  55.38 
 
 		 402 aa  428  1e-119  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5907  cysteine desulfurase  61.58 
 
 		 404 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  55.58 
 
 		 393 aa  431  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  56.01 
 
 		 404 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  55.61 
 
 		 399 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  56.15 
 
 		 391 aa  423  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  57.18 
 
 		 401 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  56.25 
 
 		 398 aa  423  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  56.17 
 
 		 407 aa  422  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  57.18 
 
 		 401 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  55.96 
 
 		 391 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  56.66 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  55.99 
 
 		 389 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  54.83 
 
 		 396 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1607  cysteine desulfurase NifS  55.99 
 
 		 388 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.76832  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  55.12 
 
 		 384 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  54.15 
 
 		 391 aa  412  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  55.47 
 
 		 389 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  53.98 
 
 		 394 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  51.7 
 
 		 386 aa  404  1e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  53.81 
 
 		 400 aa  394  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  48.59 
 
 		 396 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  48.3 
 
 		 388 aa  355  5.999999999999999e-97  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  46.31 
 
 		 400 aa  355  6.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0688  cysteine desulfurase NifS  48.3 
 
 		 388 aa  353  2.9999999999999997e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0297222  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  44.58 
 
 		 414 aa  352  5e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000561511  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  46.32 
 
 		 384 aa  348  8e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2125  aminotransferase, class V  46.31 
 
 		 398 aa  347  2e-94  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.573036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  45.53 
 
 		 384 aa  347  3e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  46.48 
 
 		 392 aa  347  3e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  49.08 
 
 		 386 aa  346  3e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  48.18 
 
 		 398 aa  343  2e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  48.94 
 
 		 379 aa  343  4e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  47.78 
 
 		 398 aa  343  4e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  46.6 
 
 		 398 aa  343  4e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1914  aminotransferase, class V  47.12 
 
 		 399 aa  342  5.999999999999999e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  48.83 
 
 		 392 aa  342  5.999999999999999e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0403  aminotransferase class V  48.68 
 
 		 378 aa  342  8e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  47.64 
 
 		 404 aa  340  2e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  46.58 
 
 		 392 aa  340  4e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2039  cysteine desulfurase  45.31 
 
 		 398 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1755  cysteine desulfurase  45.31 
 
 		 398 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00778501  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0266  hypothetical protein  45.69 
 
 		 393 aa  333  5e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.423514  normal  0.267621 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3201  cysteine desulphurase  45.71 
 
 		 396 aa  332  9e-90  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11568  normal  0.0184494 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1837  cysteine desulfurase NifS  47 
 
 		 396 aa  332  1e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0935929 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1163  NifS family cysteine desulfurase  46.34 
 
 		 396 aa  331  1e-89  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  44.62 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2154  cysteine desulfurase, NifS family  45.29 
 
 		 396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  44.13 
 
 		 394 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2008  aminotransferase, class V  43.62 
 
 		 404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.475663  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  44.91 
 
 		 402 aa  325  7e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  0.00000604426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3063  aminotransferase, class V  46.97 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  44.85 
 
 		 382 aa  322  6e-87  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  45.19 
 
 		 394 aa  322  8e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0168  aminotransferase, class V  46.12 
 
 		 409 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925051 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1939  aminotransferase class V  46.35 
 
 		 388 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024706 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  43.34 
 
 		 394 aa  320  3.9999999999999996e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1343  aminotransferase class V  44.24 
 
 		 389 aa  318  1e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1770  NifS family cysteine desulfurase  45.03 
 
 		 396 aa  317  3e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.406981  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  45.85 
 
 		 405 aa  316  5e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  43.01 
 
 		 403 aa  315  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  42.28 
 
 		 403 aa  311  1e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2431  aminotransferase, class V  45.81 
 
 		 390 aa  311  2e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  45.65 
 
 		 394 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0042  NifS family cysteine desulfurase  42.67 
 
 		 396 aa  310  4e-83  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1696  cysteine desulfurase  42.89 
 
 		 396 aa  309  6.999999999999999e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0484  aminotransferase, class V  42.75 
 
 		 417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0750137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  45.5 
 
 		 381 aa  307  3e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4051  Cysteine desulfurase  44.24 
 
 		 380 aa  306  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0863916  normal  0.93961 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  46.63 
 
 		 393 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0872  cysteine desulfurase  46.72 
 
 		 380 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0149083 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1649  aminotransferase, class V  46.05 
 
 		 385 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2630  aminotransferase class V  48.63 
 
 		 1143 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1297  aminotransferase class V  42.38 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.216598  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0248  cysteine desulfurase  44.88 
 
 		 383 aa  300  3e-80  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0166722  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0265  cysteine desulfurase, putative  41.88 
 
 		 393 aa  300  3e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4262  aminotransferase class V  45.15 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0212  cysteine desulfurase  51.46 
 
 		 382 aa  299  6e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.133802  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_70  aminotransferase, class V  44.36 
 
 		 383 aa  299  7e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0291  cysteine desulfurase  41.88 
 
 		 393 aa  298  8e-80  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05560  cysteine desulfhydrase, putative  44.13 
 
 		 502 aa  298  1e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>