44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4424 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4424  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 		 152 aa  304  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7903  DNA binding domain protein, excisionase family  73.03 
 
 		 151 aa  209  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0338  DNA binding domain-containing protein  76.26 
 
 		 153 aa  208  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3924  DNA binding domain-containing protein  58.67 
 
 		 152 aa  189  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3279  DNA binding domain-containing protein  46.62 
 
 		 149 aa  120  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.746198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2639  hypothetical protein  38.78 
 
 		 153 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690971  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0234  DNA binding domain protein, excisionase family  52.94 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.844329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1614  excisionase domain protein  52.94 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177236  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0695  DNA binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 153 aa  91.3  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0623453  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3239  putative excisionase protein  40 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0263514 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3385  DNA binding domain-containing protein  38.06 
 
 		 150 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2344  excisionase/Xis, DNA-binding  36.69 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000412399  unclonable  0.000000144936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1265  DNA binding domain-containing protein  36.69 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3978  DNA binding domain-containing protein  35.66 
 
 		 150 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.382776 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3464  DNA binding domain protein, excisionase family  46.3 
 
 		 157 aa  85.1  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3752  DNA binding domain protein, excisionase family  40.15 
 
 		 153 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152724  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4367  DNA binding domain-containing protein  36.3 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.264021  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4151  excisionase domain-containing protein  39.86 
 
 		 157 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4162  DNA binding domain-containing protein  36.3 
 
 		 155 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0766794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4435  DNA binding domain-containing protein  31.36 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.901637  normal  0.560095 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4630  DNA binding domain-containing protein  46.15 
 
 		 109 aa  78.2  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  40 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13782  excisionase  42 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.696326 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1776  excisionase/Xis, DNA-binding  41.67 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.666085  normal  0.0963925 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1635  DNA binding domain protein, excisionase family  38.78 
 
 		 184 aa  70.1  0.000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04840  DNA-binding protein, excisionase family  33.83 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  48.89 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018572  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12334  excisionase  44.3 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4763  excisionase/Xis, DNA-binding  31.5 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  50.88 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2993  DNA binding domain protein, excisionase family  33.58 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3978  DNA binding domain-containing protein  32.28 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2889  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  32.77 
 
 		 167 aa  60.5  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1856  excisionase/Xis, DNA-binding  32.2 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3800  DNA binding domain protein, excisionase family  34.94 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4008  DNA binding domain-containing protein  33.71 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03470  DNA-binding protein, excisionase family  31.78 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0072  DNA binding domain protein, excisionase family  36.67 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1587  DNA binding domain-containing protein  31.86 
 
 		 166 aa  50.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1445  DNA binding domain protein, excisionase family  39.24 
 
 		 203 aa  48.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8221  DNA binding domain-containing protein  29.36 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1601  DNA binding domain protein, excisionase family  36.54 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3272  DNA binding domain protein, excisionase family  32.69 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0405  excisionase/Xis, DNA-binding  43.48 
 
 		 63 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.831547 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>