More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4354 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  93.75 
 
 		 336 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  94.64 
 
 		 336 aa  649    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  100 
 
 		 336 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  94.05 
 
 		 336 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  91.07 
 
 		 336 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  88.69 
 
 		 336 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  88.39 
 
 		 336 aa  608  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  76.79 
 
 		 335 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  75.07 
 
 		 345 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  75.07 
 
 		 345 aa  518  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  76.76 
 
 		 351 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  74.41 
 
 		 340 aa  511  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  74.41 
 
 		 340 aa  511  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  73.21 
 
 		 337 aa  501  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  73.65 
 
 		 336 aa  500  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  73.01 
 
 		 339 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  66.07 
 
 		 356 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  65.48 
 
 		 340 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  67.86 
 
 		 338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  67.86 
 
 		 338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  67.29 
 
 		 328 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  63.99 
 
 		 338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  67.26 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  65.48 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  65.78 
 
 		 339 aa  434  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  57.01 
 
 		 338 aa  385  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  57.49 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  58.02 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  53.13 
 
 		 341 aa  347  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  54.37 
 
 		 333 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  54.37 
 
 		 333 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  54.06 
 
 		 333 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  53.33 
 
 		 337 aa  339  4e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  51.05 
 
 		 358 aa  332  4e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  53.46 
 
 		 336 aa  330  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  52.62 
 
 		 344 aa  330  3e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  51.34 
 
 		 335 aa  329  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  57.04 
 
 		 334 aa  325  5e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  51.09 
 
 		 333 aa  324  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  52.45 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  53.12 
 
 		 322 aa  318  9e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  49.84 
 
 		 331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  47.8 
 
 		 322 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  48.31 
 
 		 343 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  45.21 
 
 		 345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  49.68 
 
 		 327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  47.66 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  49.07 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  46.44 
 
 		 322 aa  278  8e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  46.37 
 
 		 323 aa  278  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  48.1 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  43.79 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  42.6 
 
 		 333 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  45.57 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.03 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  45.89 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  46.03 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  47.13 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 323 aa  272  7e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  44.44 
 
 		 326 aa  271  1e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0799  octaprenyl-diphosphate synthase  40.65 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.286745  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  47.77 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.03 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  46.91 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  45.54 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.76 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  44.14 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  45.11 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  42.46 
 
 		 331 aa  268  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  42.46 
 
 		 331 aa  268  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  42.46 
 
 		 331 aa  268  7e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  46.52 
 
 		 322 aa  268  8e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  42.46 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  45.37 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  47.57 
 
 		 327 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  43.83 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  43.52 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  43.89 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  43.56 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  42.9 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  44.48 
 
 		 323 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  44.62 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  45.12 
 
 		 332 aa  265  8e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  46.35 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  42.45 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.2 
 
 		 322 aa  264  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  42.9 
 
 		 323 aa  264  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  43.85 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  44.59 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  44.59 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  45.02 
 
 		 341 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  41.88 
 
 		 322 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  44.59 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>