More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4293 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  65.31 
 
 
542 aa  768    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 
965 aa  681    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  64.15 
 
 
546 aa  743    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  80.26 
 
 
534 aa  919    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  57.64 
 
 
553 aa  668    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  81.73 
 
 
542 aa  941    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  80.26 
 
 
542 aa  928    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  82.29 
 
 
542 aa  945    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  100 
 
 
542 aa  1122    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  82.29 
 
 
542 aa  948    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  80.63 
 
 
542 aa  939    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  66.24 
 
 
542 aa  763    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.35 
 
 
542 aa  630  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.83 
 
 
534 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.37 
 
 
541 aa  625  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.35 
 
 
542 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 
544 aa  626  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.25 
 
 
542 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  55 
 
 
543 aa  617  1e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  53.39 
 
 
545 aa  610  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
546 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 
542 aa  601  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  52.01 
 
 
553 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.51 
 
 
541 aa  599  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.42 
 
 
558 aa  600  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.04 
 
 
545 aa  597  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.56 
 
 
547 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
560 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.38 
 
 
547 aa  594  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.6 
 
 
547 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.42 
 
 
584 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 
545 aa  591  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.68 
 
 
561 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.05 
 
 
547 aa  591  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.23 
 
 
547 aa  591  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.69 
 
 
589 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.23 
 
 
569 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.38 
 
 
545 aa  589  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.05 
 
 
569 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  53.39 
 
 
549 aa  587  1e-166  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  51.74 
 
 
546 aa  588  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.31 
 
 
562 aa  586  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  51 
 
 
549 aa  586  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
546 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
546 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.3 
 
 
556 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
544 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
544 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 
547 aa  579  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
544 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 
544 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.74 
 
 
542 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.93 
 
 
548 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  51.19 
 
 
549 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  50.55 
 
 
546 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  48.91 
 
 
551 aa  567  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 
547 aa  563  1.0000000000000001e-159  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 
550 aa  558  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.37 
 
 
549 aa  545  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  50.93 
 
 
539 aa  543  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  51.36 
 
 
545 aa  544  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  48.98 
 
 
551 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  49.35 
 
 
534 aa  542  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.89 
 
 
480 aa  534  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 
548 aa  532  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  46.21 
 
 
542 aa  517  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  48.69 
 
 
540 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  45.49 
 
 
547 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 
539 aa  510  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  44.49 
 
 
545 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  46.85 
 
 
544 aa  501  1e-141  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  47.41 
 
 
546 aa  501  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  44.83 
 
 
533 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  45.47 
 
 
537 aa  483  1e-135  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0579  AMP-dependent synthetase and ligase  47.16 
 
 
521 aa  481  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  47.13 
 
 
544 aa  474  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  45.23 
 
 
587 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  44.51 
 
 
516 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  44.22 
 
 
565 aa  471  1.0000000000000001e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2237  AMP-dependent synthetase and ligase  46.57 
 
 
522 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  44.88 
 
 
540 aa  463  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.42 
 
 
537 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  41.87 
 
 
537 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.68 
 
 
537 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  44.57 
 
 
539 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.12 
 
 
537 aa  456  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2860  AMP-dependent synthetase and ligase  43.95 
 
 
535 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43217  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
537 aa  457  1e-127  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
537 aa  457  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
537 aa  458  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
537 aa  457  1e-127  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.23 
 
 
537 aa  457  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
537 aa  458  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  44.3 
 
 
542 aa  457  1e-127  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  44.38 
 
 
542 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.09 
 
 
546 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.09 
 
 
546 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.09 
 
 
546 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  42.35 
 
 
533 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0905  AMP-dependent synthetase and ligase  40.14 
 
 
547 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>