More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4216 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 254 aa  503  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 		 245 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 249 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  35.95 
 
 		 243 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 		 248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 		 243 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 244 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 246 aa  141  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 		 249 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  38.27 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 248 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 255 aa  131  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 		 246 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 243 aa  125  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 247 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  31.47 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  29.51 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 		 254 aa  105  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  29.51 
 
 		 240 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 246 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  33.85 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.97 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  29.55 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  31.58 
 
 		 251 aa  93.2  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 241 aa  92.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 		 252 aa  92  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 		 249 aa  88.6  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 270 aa  86.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  28.1 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  28.03 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  27.08 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  27.69 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  31.68 
 
 		 260 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.61 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  28.28 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  26.1 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  26.34 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  26.94 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  26.8 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  26.8 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  26.4 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  26.4 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  26.4 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  26.4 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  26.4 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 		 266 aa  68.6  0.00000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  27.02 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  26.34 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.07 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  30.28 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01284  dehydrogenase  28.29 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.77 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  30.2 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.87 
 
 		 257 aa  65.9  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  24.19 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.38 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  25.51 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>