More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4177 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  100 
 
 		 297 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  94.61 
 
 		 297 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  91.92 
 
 		 297 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  92.59 
 
 		 301 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  88.89 
 
 		 297 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  75.42 
 
 		 297 aa  461  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  67.34 
 
 		 297 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  69.02 
 
 		 297 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  67 
 
 		 297 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  67.68 
 
 		 297 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  68.35 
 
 		 297 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.67 
 
 		 297 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  74.07 
 
 		 297 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  71.38 
 
 		 297 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  50.86 
 
 		 295 aa  298  9e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  47.77 
 
 		 292 aa  225  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  43.92 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.88 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.88 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 291 aa  178  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.47 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.79 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.32 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.23 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.77 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.59 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  27.3 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 290 aa  148  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  38.05 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.11 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0031  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  33.33 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.11 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.99 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  31.63 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.25 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.3 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.3 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  28.81 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  32.45 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.02 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  34 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.9 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.2 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.82 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>