More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3905 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  49.6 
 
 		 276 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  56.65 
 
 		 258 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  46.48 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  53.64 
 
 		 265 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  53.3 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  52.65 
 
 		 254 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  50.45 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0850  lytic transglycosylase, catalytic  44.77 
 
 		 336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0266609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  54.17 
 
 		 241 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  51.06 
 
 		 257 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7436  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  51.34 
 
 		 197 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  51.38 
 
 		 238 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  50.96 
 
 		 253 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  47.58 
 
 		 242 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  46.28 
 
 		 268 aa  186  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  54.14 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  50.49 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3537  lytic transglycosylase catalytic  52.25 
 
 		 259 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.401934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1198  lytic transglycosylase catalytic  52.25 
 
 		 259 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  58.23 
 
 		 231 aa  176  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  48.74 
 
 		 233 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  51.23 
 
 		 261 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  53.33 
 
 		 217 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  47.52 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  50.75 
 
 		 254 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  59.85 
 
 		 233 aa  169  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  53.99 
 
 		 251 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0633  Lytic transglycosylase catalytic  43.5 
 
 		 439 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0452827 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  47.96 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  62.3 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  42.42 
 
 		 276 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  48.66 
 
 		 240 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2124  Lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 		 460 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  57.14 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  50.35 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  57.81 
 
 		 242 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2657  lytic transglycosylase, catalytic  51.18 
 
 		 484 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.142351  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2016  lytic transglycosylase catalytic  52.07 
 
 		 210 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0177  lytic transglycosylase, catalytic  67.05 
 
 		 120 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.683318  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  49.62 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 258 aa  87  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.71 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  40.85 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  45.24 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  40.14 
 
 		 217 aa  78.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  34.69 
 
 		 191 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  40.3 
 
 		 203 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  38.71 
 
 		 241 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  40.8 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  34.48 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  39.37 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  38.52 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  33.53 
 
 		 280 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  35.97 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 		 195 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.58 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  41.13 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  45 
 
 		 438 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  44.68 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  39.71 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  39.17 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  50.53 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  41.73 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  41.35 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  39.68 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 215 aa  73.2  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3413  Lytic transglycosylase catalytic  39.24 
 
 		 661 aa  73.2  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439727  normal  0.575026 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  40.16 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  39.23 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  32.42 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  40.34 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  37.42 
 
 		 209 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  34.25 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 204 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  37.42 
 
 		 209 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  39.68 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.97 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0006  lytic transglycosylase, catalytic  37.9 
 
 		 154 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  40.17 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  40.17 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  39.53 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  40.17 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  35.86 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  38.05 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  41.9 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  36.88 
 
 		 198 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  33.81 
 
 		 663 aa  68.9  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  34.44 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  38.97 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  37.21 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  39.22 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  37.01 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  32.67 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  37.21 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  37.21 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  37.01 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>