147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3892 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  100 
 
 		 400 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  69.31 
 
 		 411 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  61.65 
 
 		 421 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  62.83 
 
 		 392 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  61.5 
 
 		 400 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  60.26 
 
 		 402 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  60.15 
 
 		 402 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  60.15 
 
 		 402 aa  441  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  60.88 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  58.45 
 
 		 414 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  61.54 
 
 		 400 aa  429  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  59.51 
 
 		 401 aa  428  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  60.1 
 
 		 394 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  60.1 
 
 		 394 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  59.5 
 
 		 411 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  58.88 
 
 		 399 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  58.76 
 
 		 401 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  58.57 
 
 		 399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  57.03 
 
 		 396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  62.65 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  57.22 
 
 		 383 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  58.17 
 
 		 415 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  55.67 
 
 		 388 aa  391  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  56.57 
 
 		 375 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  54.94 
 
 		 388 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  53.92 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  54.16 
 
 		 405 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  53.55 
 
 		 373 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  52.99 
 
 		 386 aa  343  4e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  51.13 
 
 		 430 aa  338  8e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  47.33 
 
 		 398 aa  331  1e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  44.83 
 
 		 423 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  48.47 
 
 		 397 aa  307  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  43.98 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  44.17 
 
 		 423 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  44.88 
 
 		 423 aa  305  8.000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  44.5 
 
 		 424 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  45.45 
 
 		 420 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  45.28 
 
 		 427 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  44.99 
 
 		 426 aa  300  4e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  45.99 
 
 		 393 aa  299  6e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  44.58 
 
 		 422 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  45.12 
 
 		 427 aa  296  6e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  44.09 
 
 		 425 aa  292  7e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  41.61 
 
 		 431 aa  292  8e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  43.24 
 
 		 423 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  44.85 
 
 		 424 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  44.07 
 
 		 427 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  43.03 
 
 		 439 aa  282  9e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  44.01 
 
 		 425 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  43.19 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  43.1 
 
 		 412 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  42.51 
 
 		 395 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  44.14 
 
 		 399 aa  232  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  40.8 
 
 		 379 aa  227  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  37.95 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  49.56 
 
 		 418 aa  202  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  43.89 
 
 		 433 aa  201  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  34.35 
 
 		 410 aa  199  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  40.55 
 
 		 426 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  52.11 
 
 		 408 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  34.97 
 
 		 437 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  44.7 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  43.58 
 
 		 430 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  41.28 
 
 		 437 aa  183  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  40.37 
 
 		 445 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  40.54 
 
 		 431 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  43.5 
 
 		 459 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 		 473 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 		 473 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  37.4 
 
 		 466 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 		 472 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  35.2 
 
 		 439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  42.94 
 
 		 190 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  36.32 
 
 		 465 aa  152  8e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  35.38 
 
 		 467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  35.16 
 
 		 490 aa  145  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  35.48 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  35.48 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  36.07 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  40.1 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  40.1 
 
 		 469 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  35.34 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  35.43 
 
 		 410 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  36.22 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  32.53 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  33.6 
 
 		 406 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 446 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  34.91 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  36.17 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  31.17 
 
 		 425 aa  106  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  32.49 
 
 		 447 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  32.49 
 
 		 447 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  34.43 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  31 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  34.07 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  34.02 
 
 		 440 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  32.63 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  32.45 
 
 		 432 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  30.14 
 
 		 457 aa  93.6  5e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>