262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3871 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3871  phosphoenolpyruvate phosphomutase  100 
 
 		 319 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.359309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3412  PEP phosphonomutase protein  57.53 
 
 		 328 aa  350  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315477  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3822  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.51 
 
 		 568 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.368368 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2167  phosphoenolpyruvate phosphomutase  55.75 
 
 		 297 aa  337  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0628  PEP phosphomutase  55.63 
 
 		 300 aa  335  5e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1768  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2065  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.226403  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0758  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2026  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1051  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0691  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1808  2,3-dimethylmalate lyase  57.19 
 
 		 564 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0185861  normal  0.0864763 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0780  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.84 
 
 		 562 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5999  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.14 
 
 		 581 aa  333  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2235  2,3-dimethylmalate lyase  56.51 
 
 		 578 aa  332  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1908  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.49 
 
 		 562 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3535  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.79 
 
 		 561 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4471  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.79 
 
 		 562 aa  330  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4016  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.79 
 
 		 562 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213479  normal  0.855206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1914  2,3-dimethylmalate lyase  56.79 
 
 		 561 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4245  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.79 
 
 		 561 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4121  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.79 
 
 		 561 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0795198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3398  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.45 
 
 		 561 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1317  phosphoenolpyruvate phosphomutase  56.7 
 
 		 556 aa  325  6e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1161  phosphoenolpyruvate phosphomutase  49.65 
 
 		 545 aa  298  8e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.654999  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0160  putative phosphoenolpyruvate phosphomutase  38.4 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000192522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3887  phosphonopyruvate hydrolase  37.85 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.730793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0572  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.36 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0476  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.36 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1956  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.6 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.296795  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1413  cytidylyltransferase/phosphoenolpyruvate phosphomutase, putative  32.95 
 
 		 433 aa  127  3e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  31.47 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5665  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.89 
 
 		 437 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  36.02 
 
 		 287 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  29.58 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  35.48 
 
 		 284 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  35.48 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  35.48 
 
 		 284 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0910  putative hydrolase  31.25 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489076  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0818  putative hydrolase  31.25 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.668658  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  28.77 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  28.01 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  29.15 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  29.93 
 
 		 289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  30.45 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  29.33 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  33.7 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  29.33 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  31.62 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  32.98 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  28.62 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  30.5 
 
 		 305 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  29.37 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  29.37 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  29.82 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  29.96 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  28.63 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  29.84 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  28.52 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  28.52 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  28.52 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  29.48 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  31.54 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  30.04 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.59 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  31.54 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  27.59 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  29.46 
 
 		 297 aa  95.9  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  27.59 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  28.57 
 
 		 312 aa  95.9  9e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  28.12 
 
 		 297 aa  95.9  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  27.59 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  28.06 
 
 		 306 aa  95.9  9e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.59 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.59 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  27.02 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  27.59 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.59 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.59 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  27.99 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  29.3 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  27.53 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  29.09 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  30.31 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  28.01 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1533  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.82 
 
 		 212 aa  92.8  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.135262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  30.65 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  29.96 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  28.62 
 
 		 299 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  30.84 
 
 		 292 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  30.8 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  29.57 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  29.32 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  29.56 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  29.73 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1177  2-methylisocitrate lyase  28.14 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.984478  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  29.73 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  29.56 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  29.56 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  27.2 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>