52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3846 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3846  hypothetical protein  100 
 
 
253 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0159  hypothetical protein  72.94 
 
 
255 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673519  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2311  hypothetical protein  50.88 
 
 
254 aa  174  8e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148749  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5833  hypothetical protein  41.3 
 
 
235 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3384  hypothetical protein  46.86 
 
 
266 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.739679 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6358  hypothetical protein  35.46 
 
 
328 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3889  hypothetical protein  40.27 
 
 
239 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31119  normal  0.156158 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4137  hypothetical protein  33.33 
 
 
315 aa  106  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0485856  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0093  hypothetical protein  35.27 
 
 
316 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152001  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0701  hypothetical protein  36.86 
 
 
318 aa  98.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3554  membrane protein-like protein  33.85 
 
 
264 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.149309 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5241  membrane protein-like protein  32.23 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0567111  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4795  hypothetical protein  35.24 
 
 
322 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2987  hypothetical protein  32.58 
 
 
298 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.101551  normal  0.0487928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2267  membrane protein-like protein  30.19 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2351  hypothetical protein  34.85 
 
 
317 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1445  hypothetical protein  32.69 
 
 
300 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0680793  normal  0.372569 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0170  hypothetical protein  32.35 
 
 
332 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2269  membrane protein-like protein  32.74 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.761855  hitchhiker  0.00192882 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01478  membrane protein-like protein  35.29 
 
 
267 aa  79  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4602  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.61 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11200  membrane-like protein  40.29 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00435487  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0855  hypothetical protein  34.05 
 
 
214 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2514  hypothetical protein  34.05 
 
 
214 aa  68.6  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0108  membrane protein-like protein  30.9 
 
 
270 aa  67  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3120  hypothetical protein  34.08 
 
 
209 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136448 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4758  hypothetical protein  36.14 
 
 
196 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.343516  normal  0.0425976 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0455  hypothetical protein  28.49 
 
 
274 aa  52  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2794  hypothetical protein  32.8 
 
 
195 aa  50.1  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.132736  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1238  putative inner membrane protein  30.58 
 
 
294 aa  48.9  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1898  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  27.31 
 
 
290 aa  48.9  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.903451  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2884  putative inner membrane protein  30.58 
 
 
289 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.712749  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0855  putative inner membrane protein  29.82 
 
 
296 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2875  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2819  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0562  hypothetical protein  30.58 
 
 
266 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.522678  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2760  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1770  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2447  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2834  hypothetical protein  30.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.395343  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1032  membrane protein  31.58 
 
 
290 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1036  membrane protein  31.58 
 
 
290 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal  0.424179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4266  membrane protein  31.58 
 
 
289 aa  46.2  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.991106  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1130  membrane protein  31.58 
 
 
289 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1154  membrane protein  31.58 
 
 
289 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0675  membrane protein  31.58 
 
 
289 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1473  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain- containing protein  25.88 
 
 
327 aa  45.8  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0583  membrane protein  29.96 
 
 
275 aa  45.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.7411  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1749  hypothetical protein  30.7 
 
 
290 aa  45.4  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.185499  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2068  membrane protein-like protein  30.32 
 
 
273 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.334225 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2151  membrane protein  31.58 
 
 
289 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240263  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3278  membrane protein  27.19 
 
 
280 aa  43.5  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>