More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3795 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.38 
 
 
260 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.31 
 
 
260 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.62 
 
 
260 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  81.54 
 
 
260 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  68.46 
 
 
259 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.46 
 
 
259 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.85 
 
 
259 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.85 
 
 
259 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.68 
 
 
263 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  67.92 
 
 
263 aa  351  5.9999999999999994e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.15 
 
 
259 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.31 
 
 
277 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.23 
 
 
325 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.3 
 
 
263 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.85 
 
 
278 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.68 
 
 
259 aa  348  5e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.08 
 
 
259 aa  347  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  71.15 
 
 
260 aa  347  1e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.16 
 
 
262 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.92 
 
 
259 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
259 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
285 aa  343  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.62 
 
 
259 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.02 
 
 
263 aa  339  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  64.5 
 
 
262 aa  337  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  64.09 
 
 
258 aa  332  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.36 
 
 
258 aa  328  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 
258 aa  328  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 
258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.03 
 
 
264 aa  319  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.69 
 
 
260 aa  319  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.36 
 
 
264 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.64 
 
 
265 aa  306  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.53 
 
 
264 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.62 
 
 
259 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.23 
 
 
259 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.55 
 
 
276 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.36 
 
 
264 aa  296  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.54 
 
 
259 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.97 
 
 
276 aa  296  3e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.22 
 
 
238 aa  295  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.85 
 
 
259 aa  292  4e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.75 
 
 
260 aa  288  6e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
261 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
259 aa  282  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  59.06 
 
 
259 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.06 
 
 
264 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
259 aa  273  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
259 aa  271  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.55 
 
 
259 aa  262  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
259 aa  255  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.08 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
247 aa  234  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  188  7e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
248 aa  188  8e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
262 aa  182  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
261 aa  175  6e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
263 aa  171  1e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
260 aa  171  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
261 aa  171  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
263 aa  169  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
259 aa  168  6e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
261 aa  168  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
260 aa  161  1e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
261 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
266 aa  159  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  159  4e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
261 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
257 aa  157  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
259 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
245 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  32.32 
 
 
264 aa  153  2e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  37.84 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
262 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  152  5e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
261 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
260 aa  148  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.2 
 
 
264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
261 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
260 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
262 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
262 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.85 
 
 
269 aa  142  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
262 aa  141  8e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
261 aa  137  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.254427 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283398  normal  0.300878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>