28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3788 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
59 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  79.66 
 
 
59 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  81.36 
 
 
59 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  81.36 
 
 
59 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  77.97 
 
 
59 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  76.27 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  78.95 
 
 
59 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  74.58 
 
 
59 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  76.27 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  74.58 
 
 
59 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  73.47 
 
 
66 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  72 
 
 
65 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  71.43 
 
 
67 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  69.39 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  72.92 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  69.39 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  70.21 
 
 
67 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  68.09 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  55 
 
 
127 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  48 
 
 
54 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  48 
 
 
54 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  48.98 
 
 
107 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 
54 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 
257 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  47.92 
 
 
263 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 
239 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1408  antenna complex, alpha/beta subunit  64.71 
 
 
71 aa  47  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>