208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3769 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 		 209 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  70.56 
 
 		 195 aa  262  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  68.11 
 
 		 195 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  65.75 
 
 		 203 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  57.07 
 
 		 221 aa  215  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  58.79 
 
 		 222 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  58.43 
 
 		 206 aa  202  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  58.76 
 
 		 206 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  53.76 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  58.19 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  61.78 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2026  HyaD peptidase  56.98 
 
 		 208 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.462165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1164  HyaD peptidase  57.22 
 
 		 198 aa  193  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  52.54 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  53.44 
 
 		 204 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  49.21 
 
 		 208 aa  175  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  47.54 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  52.07 
 
 		 191 aa  170  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  46.96 
 
 		 195 aa  169  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  46.96 
 
 		 195 aa  167  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  45.2 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  45.2 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  45.2 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  54.3 
 
 		 214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  45.2 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  45.2 
 
 		 202 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  48.07 
 
 		 195 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  45.81 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1529  hydrogenase 1 maturation protease  45 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  0.329104 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1927  hydrogenase 1 maturation protease  46.41 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1931  hydrogenase 1 maturation protease  46.41 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00978  HyaD  47.51 
 
 		 195 aa  158  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2669  hydrogenase expression/formation protein  47.51 
 
 		 195 aa  158  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2621  hydrogenase 1 maturation protease  47.51 
 
 		 195 aa  158  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00823631 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1083  hydrogenase 1 maturation protease  47.51 
 
 		 195 aa  158  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00985  hypothetical protein  47.51 
 
 		 195 aa  158  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1345  hydrogenase 1 maturation protease  45.86 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1987  hydrogenase 1 maturation protease  45.86 
 
 		 198 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2142  hydrogenase 1 maturation protease  46.96 
 
 		 195 aa  155  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.152456  normal  0.47053 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  44.23 
 
 		 159 aa  132  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.51 
 
 		 164 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.51 
 
 		 164 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  43.29 
 
 		 166 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.51 
 
 		 164 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.51 
 
 		 164 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.51 
 
 		 164 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  41.25 
 
 		 177 aa  123  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  43.56 
 
 		 164 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  43.56 
 
 		 164 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  43.56 
 
 		 164 aa  122  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  43.56 
 
 		 164 aa  122  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  42.77 
 
 		 172 aa  115  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0857  hydrogenase maturation protease  42.11 
 
 		 157 aa  115  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.685665  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0858  hydrogenase maturation protease  42.76 
 
 		 157 aa  115  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  41.42 
 
 		 166 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  41.61 
 
 		 169 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  42.17 
 
 		 169 aa  111  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  41.29 
 
 		 194 aa  108  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1449  peptidase M52, hydrogen uptake protein  38.82 
 
 		 158 aa  107  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230112  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  43.75 
 
 		 144 aa  105  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  41.1 
 
 		 168 aa  104  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  42.03 
 
 		 165 aa  104  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  37.97 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  41.8 
 
 		 152 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0975  hydrogenase maturation protease  39.35 
 
 		 167 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0660111  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  36.48 
 
 		 165 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1590  hydrogenase maturation protease  38.41 
 
 		 160 aa  100  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.88 
 
 		 174 aa  99.8  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2502  HybD peptidase  41.61 
 
 		 183 aa  99  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644035 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  41.46 
 
 		 166 aa  98.6  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  42.22 
 
 		 170 aa  98.2  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  38 
 
 		 161 aa  97.8  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  33.54 
 
 		 159 aa  96.7  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  38.41 
 
 		 165 aa  96.3  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  35.57 
 
 		 170 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  35.76 
 
 		 177 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  33.55 
 
 		 172 aa  91.3  9e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0362  hydrogenase maturation protease  38.61 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120918 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  29.27 
 
 		 166 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2036  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.64 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  32.28 
 
 		 161 aa  89  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  39.19 
 
 		 181 aa  89.4  4e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  32.3 
 
 		 164 aa  88.2  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  36.99 
 
 		 156 aa  87  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1876  hydrogenase maturation protease  32.28 
 
 		 165 aa  86.3  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252899  normal  0.719205 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  33.6 
 
 		 160 aa  84.7  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  37.09 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2733  hydrogenase maturation protease  31.41 
 
 		 165 aa  82.8  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  37.09 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  36.55 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  33.97 
 
 		 160 aa  81.3  0.000000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  37.7 
 
 		 160 aa  81.3  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1271  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.99 
 
 		 167 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.813931  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3406  hydrogenase maturation protease  35.71 
 
 		 191 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  34.93 
 
 		 156 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>