199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3653 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  100 
 
 		 460 aa  941    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.27 
 
 		 532 aa  226  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  36.43 
 
 		 450 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  32.85 
 
 		 435 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.27 
 
 		 457 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.63 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.96 
 
 		 501 aa  138  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.67 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  38.65 
 
 		 418 aa  136  9e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.14 
 
 		 464 aa  133  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  39.79 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  32.74 
 
 		 429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.03 
 
 		 520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  30.96 
 
 		 456 aa  125  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  35.23 
 
 		 616 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 438 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.01 
 
 		 477 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.61 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.64 
 
 		 437 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  27.22 
 
 		 514 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  37.04 
 
 		 846 aa  117  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  36.41 
 
 		 420 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 		 424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.17 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.18 
 
 		 416 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.97 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.95 
 
 		 453 aa  107  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.82 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  27.82 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.42 
 
 		 464 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.82 
 
 		 442 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 		 402 aa  103  8e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  24.59 
 
 		 453 aa  102  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 462 aa  99  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  29.47 
 
 		 457 aa  98.2  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.59 
 
 		 492 aa  96.7  8e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 420 aa  95.5  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  28.86 
 
 		 495 aa  94.7  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 557 aa  94.4  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.98 
 
 		 459 aa  92.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 587 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.2 
 
 		 408 aa  89  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 405 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  23.06 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 409 aa  85.1  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.06 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 413 aa  83.6  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.24 
 
 		 565 aa  82.8  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  31.79 
 
 		 285 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.77 
 
 		 456 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  30.56 
 
 		 465 aa  80.5  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 426 aa  79.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.55 
 
 		 493 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.54 
 
 		 448 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.74 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  30.74 
 
 		 538 aa  77  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.39 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.39 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.09 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.02 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  31.13 
 
 		 236 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.46 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.81 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  25.79 
 
 		 490 aa  73.6  0.000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.2 
 
 		 462 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.56 
 
 		 479 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 453 aa  73.2  0.00000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  23.08 
 
 		 458 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  23.26 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.58 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.19 
 
 		 620 aa  71.6  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.49 
 
 		 528 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  21.02 
 
 		 1343 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  33.06 
 
 		 532 aa  69.3  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.52 
 
 		 384 aa  68.2  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 511 aa  67.4  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  24.63 
 
 		 400 aa  67  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  23.79 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  26.85 
 
 		 576 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 473 aa  66.6  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  29.36 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.84 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.54 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  20.95 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.54 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.57 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  36.29 
 
 		 595 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  19.96 
 
 		 447 aa  63.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  29.29 
 
 		 403 aa  63.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.9 
 
 		 237 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.51 
 
 		 429 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.23 
 
 		 477 aa  61.2  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  26.48 
 
 		 585 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>