198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3611 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  100 
 
 
380 aa  760    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  49.18 
 
 
377 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  43.73 
 
 
365 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  38.84 
 
 
389 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  38.84 
 
 
389 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  38.84 
 
 
381 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  38.48 
 
 
377 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  41.57 
 
 
383 aa  260  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  39.4 
 
 
365 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.9 
 
 
401 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  37.1 
 
 
370 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  36 
 
 
375 aa  245  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  34.24 
 
 
377 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  32.77 
 
 
406 aa  235  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  31.54 
 
 
375 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  32.88 
 
 
373 aa  230  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  32.08 
 
 
373 aa  229  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  31.32 
 
 
386 aa  222  7e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  31.59 
 
 
383 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  36.29 
 
 
382 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  33.6 
 
 
383 aa  213  4.9999999999999996e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  39.66 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  32.66 
 
 
371 aa  212  9e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.52 
 
 
370 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  33.72 
 
 
366 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  33.72 
 
 
366 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.72 
 
 
366 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
371 aa  206  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  30.67 
 
 
378 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
378 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  30.45 
 
 
394 aa  196  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  31.78 
 
 
368 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  28.96 
 
 
384 aa  192  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  31.81 
 
 
369 aa  189  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  30.39 
 
 
375 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  30.47 
 
 
372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  30.95 
 
 
372 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  29.15 
 
 
374 aa  176  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  29.26 
 
 
427 aa  176  7e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  29.12 
 
 
374 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  30.84 
 
 
367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
360 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.17 
 
 
429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  22.44 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  26.43 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  26.01 
 
 
407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  26.03 
 
 
364 aa  114  3e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.01 
 
 
380 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  26.21 
 
 
363 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  26.21 
 
 
363 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.35 
 
 
483 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  23.33 
 
 
368 aa  99.8  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.94 
 
 
478 aa  99  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.93 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  25.21 
 
 
356 aa  90.1  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  25.44 
 
 
361 aa  89  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  24.73 
 
 
354 aa  86.7  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
372 aa  86.3  9e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.24 
 
 
402 aa  84.3  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  25.19 
 
 
517 aa  84  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  28.68 
 
 
358 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  25.13 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  25.15 
 
 
377 aa  83.6  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  26.48 
 
 
379 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.48 
 
 
359 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  26.26 
 
 
362 aa  80.1  0.00000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  23.96 
 
 
338 aa  78.6  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  24.59 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.41 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  22.99 
 
 
390 aa  74.3  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  23.15 
 
 
409 aa  73.9  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  25.64 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  25.97 
 
 
396 aa  69.3  0.0000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0185  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0952847  normal  0.560438 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.66 
 
 
307 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  25.4 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  22.03 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.7 
 
 
318 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.38 
 
 
322 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  25.13 
 
 
689 aa  64.3  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  25.54 
 
 
688 aa  64.3  0.000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  24.79 
 
 
361 aa  62.8  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  23.93 
 
 
368 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  23.88 
 
 
429 aa  62.8  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  22.59 
 
 
372 aa  62  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0216  periplasmic binding protein  23.89 
 
 
393 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.941778  normal  0.148136 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.96 
 
 
341 aa  61.2  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  27.05 
 
 
372 aa  59.3  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  24.55 
 
 
343 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1466  periplasmic binding protein  24.72 
 
 
369 aa  58.2  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0440112  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  21.27 
 
 
381 aa  57.8  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  24.57 
 
 
362 aa  56.6  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  28.18 
 
 
303 aa  56.6  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  24.74 
 
 
343 aa  56.2  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  26.71 
 
 
312 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.01 
 
 
289 aa  55.8  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.08 
 
 
354 aa  55.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  24.06 
 
 
346 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300944 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>