More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3541 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  100 
 
 		 322 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  86.12 
 
 		 327 aa  534  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  86.44 
 
 		 327 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.49 
 
 		 343 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  85.17 
 
 		 327 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.54 
 
 		 342 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.6 
 
 		 327 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.6 
 
 		 327 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  84.81 
 
 		 327 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  83.6 
 
 		 329 aa  521  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  83.6 
 
 		 327 aa  521  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.91 
 
 		 328 aa  520  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  82.02 
 
 		 327 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.23 
 
 		 332 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  81.7 
 
 		 328 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  86.71 
 
 		 321 aa  517  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.93 
 
 		 326 aa  513  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  83.97 
 
 		 322 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  81.07 
 
 		 334 aa  510  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  79.11 
 
 		 334 aa  498  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  81.91 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  82.02 
 
 		 332 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  81.49 
 
 		 326 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  79.43 
 
 		 326 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  79.11 
 
 		 322 aa  492  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  78.3 
 
 		 334 aa  484  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  82.39 
 
 		 329 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  80.72 
 
 		 328 aa  482  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  79.81 
 
 		 327 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  79.05 
 
 		 327 aa  454  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  76.68 
 
 		 327 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  70.82 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  69.33 
 
 		 323 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  66.33 
 
 		 325 aa  393  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.95 
 
 		 333 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  63.46 
 
 		 350 aa  362  4e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  65.22 
 
 		 348 aa  358  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  64.14 
 
 		 349 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  62.78 
 
 		 356 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  60.31 
 
 		 358 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  61.54 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.66 
 
 		 344 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  61.08 
 
 		 354 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  63.12 
 
 		 351 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.79 
 
 		 344 aa  352  5.9999999999999994e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  62.34 
 
 		 343 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.69 
 
 		 350 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.83 
 
 		 345 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  61.92 
 
 		 356 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  63.33 
 
 		 344 aa  349  5e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.58 
 
 		 356 aa  348  7e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.7 
 
 		 353 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.57 
 
 		 325 aa  316  4e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  54.64 
 
 		 320 aa  298  6e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  53.33 
 
 		 318 aa  282  6.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  47.28 
 
 		 321 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  46.43 
 
 		 325 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  48.15 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  48.84 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  47.14 
 
 		 323 aa  252  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.9 
 
 		 329 aa  251  8.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.51 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  47.87 
 
 		 321 aa  248  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.36 
 
 		 310 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  46.41 
 
 		 320 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.51 
 
 		 322 aa  242  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  46.41 
 
 		 320 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  45.64 
 
 		 322 aa  242  6e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.18 
 
 		 322 aa  241  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  44.48 
 
 		 366 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  46.73 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  42.86 
 
 		 325 aa  239  5e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  39.61 
 
 		 319 aa  232  6e-60  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  43.96 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  43.51 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  39.19 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  40.19 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  38.87 
 
 		 438 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  37.33 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  35.12 
 
 		 572 aa  162  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  35.4 
 
 		 464 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  36.39 
 
 		 468 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  40.25 
 
 		 440 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  38.68 
 
 		 451 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  38.68 
 
 		 451 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  38.68 
 
 		 450 aa  159  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  34.92 
 
 		 455 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  35.15 
 
 		 479 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  38.46 
 
 		 491 aa  158  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  39.62 
 
 		 438 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  35.96 
 
 		 454 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  37.04 
 
 		 452 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  33.9 
 
 		 473 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.54 
 
 		 444 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  34.92 
 
 		 455 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  34.78 
 
 		 569 aa  155  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2796  putative type II/IV secretion ATPase protein, TadA  38.02 
 
 		 469 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178047  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  36.36 
 
 		 442 aa  155  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  34.58 
 
 		 454 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  34.58 
 
 		 454 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>