56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3516 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3516  hypothetical protein  100 
 
 
61 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.196587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2641  hypothetical protein  79.59 
 
 
63 aa  87.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2988  hypothetical protein  83.33 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397696  normal  0.373274 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0628  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497536  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1699  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2743  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.527298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2686  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2903  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.314108  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2384  hypothetical protein  84.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1275  hypothetical protein  78.26 
 
 
58 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5138  hypothetical protein  73.91 
 
 
63 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.26264 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0369  hypothetical protein  81.4 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1783  hypothetical protein  63.64 
 
 
58 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0846066  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2107  hypothetical protein  63.64 
 
 
58 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45526  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2808  hypothetical protein  86.05 
 
 
899 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1693  hypothetical protein  68 
 
 
63 aa  75.9  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0301562  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0086  hypothetical protein  69.77 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0105  hypothetical protein  69.77 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2341  hypothetical protein  70 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0134441 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2719  hypothetical protein  70 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3581  hypothetical protein  63.83 
 
 
58 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.972578  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4658  hypothetical protein  63.83 
 
 
58 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1780  hypothetical protein  63.41 
 
 
58 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.219233  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02295  hypothetical protein  66.67 
 
 
58 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3480  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  59.26 
 
 
627 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.308899  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3366  hypothetical protein  61.36 
 
 
48 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.278826  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39700  hypothetical protein  61.36 
 
 
48 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2207  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  61.7 
 
 
636 aa  62.8  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2768  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  81.82 
 
 
608 aa  62.8  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.722905  hitchhiker  0.0000187982 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0305  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.73 
 
 
629 aa  63.5  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113243 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0019  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  55.32 
 
 
50 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00405758  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4059  hypothetical protein  61.54 
 
 
54 aa  59.3  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0455  hypothetical protein  53.06 
 
 
61 aa  57.8  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0030661  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0023  hypothetical protein  63.16 
 
 
53 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0051  hypothetical protein  51.02 
 
 
54 aa  54.3  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0861  hypothetical protein  59.46 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0426  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.63 
 
 
893 aa  51.2  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0978  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.94 
 
 
630 aa  49.3  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1995  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  41.51 
 
 
709 aa  47.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0898162  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0892  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  56.25 
 
 
695 aa  47  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0982994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1144  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.52 
 
 
692 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0333221  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  54.84 
 
 
705 aa  44.7  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.437594 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3397  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.71 
 
 
686 aa  43.9  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1401  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  55.17 
 
 
710 aa  43.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00712493  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2273  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  38.18 
 
 
718 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.414975  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1601  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50 
 
 
706 aa  43.1  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1698  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  56.67 
 
 
627 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0335  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.33 
 
 
639 aa  42.7  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1819  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.45 
 
 
636 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2681  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.45 
 
 
681 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.252342 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1057  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.95 
 
 
721 aa  42.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0277  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50 
 
 
638 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3016  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  54.84 
 
 
685 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0068  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.61 
 
 
697 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  46.88 
 
 
695 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1473  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  55.17 
 
 
704 aa  40  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.935092 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>