More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3501 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 301 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 295 aa  275  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 314 aa  266  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  50.36 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 304 aa  251  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 307 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 301 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 305 aa  235  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  43.15 
 
 		 319 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 319 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  45.71 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  42.5 
 
 		 321 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  44.44 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 317 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  40.66 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  41.13 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 325 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 353 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 325 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 319 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.64 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  34.15 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.29 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 331 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.28 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.18 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 334 aa  137  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28.91 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.99 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 329 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.77 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>