More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3485 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  100 
 
 		 440 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  71.02 
 
 		 430 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  72.92 
 
 		 436 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  71.79 
 
 		 437 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  53.6 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  53.49 
 
 		 430 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  52.71 
 
 		 426 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  52.73 
 
 		 431 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  47.68 
 
 		 414 aa  349  5e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  41.5 
 
 		 440 aa  297  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  42.13 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  41.71 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  42.12 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  41.43 
 
 		 411 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  44.17 
 
 		 453 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  40.35 
 
 		 407 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  40.87 
 
 		 409 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  39.9 
 
 		 407 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  38.35 
 
 		 415 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.01 
 
 		 423 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  41.06 
 
 		 422 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  39.95 
 
 		 422 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  40.05 
 
 		 420 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  41.24 
 
 		 417 aa  225  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  39.84 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  37.04 
 
 		 435 aa  219  8.999999999999998e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  38.05 
 
 		 418 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  39.31 
 
 		 420 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  38.56 
 
 		 426 aa  217  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  39.31 
 
 		 420 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  36 
 
 		 438 aa  216  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  37.74 
 
 		 408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  36.97 
 
 		 414 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  36.91 
 
 		 424 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  38.56 
 
 		 406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  36.48 
 
 		 445 aa  212  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  37.91 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  38.38 
 
 		 408 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  38.02 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  37.75 
 
 		 370 aa  210  5e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  38.7 
 
 		 613 aa  209  7e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  34.78 
 
 		 424 aa  209  7e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.96 
 
 		 427 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.39 
 
 		 399 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  35.1 
 
 		 447 aa  206  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  36.94 
 
 		 424 aa  205  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  36.98 
 
 		 454 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  38.15 
 
 		 414 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  35.77 
 
 		 420 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  39.39 
 
 		 400 aa  204  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  32.59 
 
 		 419 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.81 
 
 		 401 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  35.84 
 
 		 411 aa  199  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.87 
 
 		 433 aa  198  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.9 
 
 		 407 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  35.9 
 
 		 405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  36.17 
 
 		 405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.78 
 
 		 401 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.78 
 
 		 401 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  37.6 
 
 		 401 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  37.2 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  35.28 
 
 		 411 aa  193  5e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  36.59 
 
 		 405 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  36.39 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.73 
 
 		 410 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  35.49 
 
 		 401 aa  188  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  36.94 
 
 		 401 aa  186  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  33.93 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.07 
 
 		 452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  30.79 
 
 		 382 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  32.38 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  33.51 
 
 		 395 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  32.87 
 
 		 395 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  36.57 
 
 		 431 aa  172  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.99 
 
 		 409 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.74 
 
 		 438 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  34.34 
 
 		 406 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  31.23 
 
 		 468 aa  166  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  32.43 
 
 		 377 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  33.89 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  31.27 
 
 		 395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  32.79 
 
 		 437 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl216  putative beta-lactamase  28.61 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  33.24 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  32.06 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  36.22 
 
 		 412 aa  160  4e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  35.04 
 
 		 394 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  36.36 
 
 		 400 aa  156  6e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  32.88 
 
 		 397 aa  156  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.42 
 
 		 428 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  33.25 
 
 		 422 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  28.81 
 
 		 427 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  35.19 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0093  beta-lactamase, putative  26.39 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  34.03 
 
 		 398 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2230  beta-lactamase  33.24 
 
 		 380 aa  152  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  30.24 
 
 		 431 aa  150  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  32.65 
 
 		 438 aa  150  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  33.68 
 
 		 387 aa  149  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  33.25 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>