More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3445 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3445  50S ribosomal protein L2  100 
 
 		 277 aa  563  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2298  50S ribosomal protein L2  93.5 
 
 		 278 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3181  50S ribosomal protein L2  92.78 
 
 		 278 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3664  50S ribosomal protein L2  91.34 
 
 		 278 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1548  50S ribosomal protein L2  89.17 
 
 		 277 aa  491  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1367  50S ribosomal protein L2  88.09 
 
 		 277 aa  487  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.266089  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5067  50S ribosomal protein L2  87.36 
 
 		 277 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.828543  normal  0.381768 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1357  50S ribosomal protein L2  79.78 
 
 		 279 aa  447  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.184496  normal  0.0354969 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1682  50S ribosomal protein L2  82.31 
 
 		 277 aa  447  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0463749  hitchhiker  0.0000149038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0577  50S ribosomal protein L2  79.42 
 
 		 279 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1193  50S ribosomal protein L2  79.42 
 
 		 277 aa  431  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1230  50S ribosomal protein L2  79.42 
 
 		 277 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1959  50S ribosomal protein L2  80.14 
 
 		 277 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0386068  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0701  50S ribosomal protein L2  77.26 
 
 		 277 aa  421  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000626221  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0989  50S ribosomal protein L2  78.06 
 
 		 278 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227684  normal  0.0318056 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0669  50S ribosomal protein L2  77.26 
 
 		 277 aa  421  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000171407  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2126  50S ribosomal protein L2  76.98 
 
 		 278 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2165  50S ribosomal protein L2  76.98 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.219576 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2739  50S ribosomal protein L2  75.81 
 
 		 278 aa  420  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236416  normal  0.312063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2443  50S ribosomal protein L2  76.98 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1843  50S ribosomal protein L2  77.34 
 
 		 278 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0328595  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1911  50S ribosomal protein L2  76.26 
 
 		 278 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00546363  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0350  50S ribosomal protein L2  75.9 
 
 		 278 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1675  50S ribosomal protein L2  75.81 
 
 		 278 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1433  50S ribosomal protein L2  75.18 
 
 		 278 aa  410  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  0.0219433 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1335  50S ribosomal protein L2  75.54 
 
 		 278 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0836019 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2221  50S ribosomal protein L2  76.26 
 
 		 278 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0762  50S ribosomal protein L2  75.09 
 
 		 279 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052515  normal  0.51938 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2815  50S ribosomal protein L2  72.2 
 
 		 278 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2685  50S ribosomal protein L2  71.48 
 
 		 279 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00277969  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1792  50S ribosomal protein L2  72.92 
 
 		 278 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109634  normal  0.0522844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1252  50S ribosomal protein L2  71.84 
 
 		 278 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.275281  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1350  50S ribosomal protein L2  69.68 
 
 		 278 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2969  50S ribosomal protein L2  72.06 
 
 		 276 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0252  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 280 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1943  50S ribosomal protein L2  70.96 
 
 		 277 aa  378  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0285  50S ribosomal protein L2  70.14 
 
 		 280 aa  374  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2531  50S ribosomal protein L2  69.31 
 
 		 279 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.445887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0588  50S ribosomal protein L2  69.06 
 
 		 280 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1719  50S ribosomal protein L2  68.95 
 
 		 279 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0364  50S ribosomal protein L2  68.95 
 
 		 279 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.838149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1617  50S ribosomal protein L2  70.86 
 
 		 279 aa  362  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  59.21 
 
 		 277 aa  338  5.9999999999999996e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  62.45 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000401214  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000072222  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112597  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237187  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0492  50S ribosomal protein L2  57.97 
 
 		 275 aa  325  6e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000323805  hitchhiker  0.00406555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3633  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 273 aa  324  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0350833  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3804  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 273 aa  324  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3633  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 273 aa  324  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000993877  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3741  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 273 aa  324  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69026  normal  0.0152471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3706  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 273 aa  324  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00279259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0487  50S ribosomal protein L2  57.97 
 
 		 275 aa  324  1e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000349566  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 273 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3748  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 273 aa  323  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  hitchhiker  0.00494792 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3998  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 273 aa  322  4e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000302361  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0429  50S ribosomal protein L2  58.48 
 
 		 276 aa  322  5e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000081496  decreased coverage  0.00000678891 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 274 aa  322  5e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 274 aa  322  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 274 aa  322  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  59.19 
 
 		 273 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  59.19 
 
 		 273 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3819  50S ribosomal protein L2  58.76 
 
 		 273 aa  321  9.000000000000001e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0870  50S ribosomal protein L2  61.68 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0326  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000291678  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  56 
 
 		 275 aa  319  3.9999999999999996e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0936  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 		 274 aa  314  9e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000014248  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0062  50S ribosomal protein L2  58.03 
 
 		 273 aa  314  9e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000394369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2854  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.16125  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0609  50S ribosomal protein L2  62.08 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0412  50S ribosomal protein L2  62.45 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4002  ribosomal protein L2  60.36 
 
 		 275 aa  314  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.712064 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3325  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000129312 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0984  50S ribosomal protein L2  56.12 
 
 		 280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.619761  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0279  50S ribosomal protein L2  55.64 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000000000585498  normal  0.0839884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3450  50S ribosomal protein L2  55.64 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000764843  decreased coverage  0.00435128 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  57.25 
 
 		 276 aa  312  2.9999999999999996e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4541  50S ribosomal protein L2  58.55 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000106039  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2756  50S ribosomal protein L2  55.64 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000162377  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0330  50S ribosomal protein L2  55.64 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000414315  normal  0.021485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0270  50S ribosomal protein L2  55.64 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00297501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1070  50S ribosomal protein L2  58.76 
 
 		 274 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147453  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0351  50S ribosomal protein L2  55.27 
 
 		 275 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000123883  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0704  50S ribosomal protein L2  57.99 
 
 		 273 aa  311  5.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350454  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0326  ribosomal protein L2  61.31 
 
 		 274 aa  311  6.999999999999999e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000480771  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  56.88 
 
 		 276 aa  311  9e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  56.52 
 
 		 276 aa  311  1e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1349  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 		 274 aa  310  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0408  50S ribosomal protein L2  56.36 
 
 		 275 aa  310  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000019918  normal  0.14889 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  56.52 
 
 		 276 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  56.52 
 
 		 276 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3521  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 275 aa  310  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000287143  hitchhiker  0.00000119311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>