More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3428 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2198  preprotein translocase, SecY subunit  75.28 
 
 		 448 aa  666    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0470035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3647  preprotein translocase subunit SecY  93 
 
 		 443 aa  816    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1213  preprotein translocase subunit SecY  72.52 
 
 		 446 aa  667    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1006  preprotein translocase subunit SecY  74.1 
 
 		 446 aa  670    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.38875  hitchhiker  0.00669682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2181  preprotein translocase, SecY subunit  73.21 
 
 		 447 aa  654    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1976  preprotein translocase subunit SecY  72.52 
 
 		 446 aa  668    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.923807  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1384  preprotein translocase subunit SecY  90.29 
 
 		 443 aa  822    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2144  preprotein translocase, SecY subunit  73.66 
 
 		 447 aa  651    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1352  preprotein translocase subunit SecY  72.3 
 
 		 446 aa  643    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0023208  normal  0.481629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5050  preprotein translocase subunit SecY  90.74 
 
 		 444 aa  824    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.478224  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1176  preprotein translocase subunit SecY  72.3 
 
 		 446 aa  666    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0379017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2668  preprotein translocase subunit SecY  71.75 
 
 		 447 aa  647    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0333  preprotein translocase, SecY subunit  77.25 
 
 		 445 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2315  preprotein translocase subunit SecY  93.23 
 
 		 443 aa  822    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.296135 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4778  preprotein translocase subunit SecY  79.23 
 
 		 444 aa  707    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000420552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3428  preprotein translocase subunit SecY  100 
 
 		 443 aa  886    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452831  normal  0.23727 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3164  preprotein translocase subunit SecY  93.91 
 
 		 443 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0194839  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1565  preprotein translocase subunit SecY  90.07 
 
 		 443 aa  818    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112443  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0560  preprotein translocase, SecY subunit  77.2 
 
 		 442 aa  691    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2459  preprotein translocase, SecY subunit  73.21 
 
 		 447 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1863  preprotein translocase subunit SecY  72.97 
 
 		 446 aa  659    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1928  preprotein translocase, SecY subunit  77.25 
 
 		 445 aa  687    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1450  preprotein translocase subunit SecY  72.3 
 
 		 446 aa  634    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337945  normal  0.16685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1374  preprotein translocase, SecY subunit  74.1 
 
 		 444 aa  676    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285774  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2756  preprotein translocase, SecY subunit  76.3 
 
 		 443 aa  695    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.373135  normal  0.477854 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1658  preprotein translocase subunit SecY  72.75 
 
 		 446 aa  629  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.398859  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0718  preprotein translocase subunit SecY  66.59 
 
 		 448 aa  611  9.999999999999999e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.214912  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1926  preprotein translocase, SecY subunit  66.51 
 
 		 449 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.796685  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2986  preprotein translocase subunit SecY  64.29 
 
 		 448 aa  603  1.0000000000000001e-171  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1634  preprotein translocase subunit SecY  63.33 
 
 		 452 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0116955  normal  0.0410443 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0381  preprotein translocase subunit SecY  62.39 
 
 		 452 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1735  preprotein translocase subunit SecY  62.16 
 
 		 452 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0780  preprotein translocase subunit SecY  62.08 
 
 		 457 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0305  preprotein translocase subunit SecY  62.41 
 
 		 453 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.398461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0339  preprotein translocase subunit SecY  60.46 
 
 		 440 aa  542  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000142446  unclonable  0.0000000706243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0425  preprotein translocase subunit SecY  61.5 
 
 		 437 aa  542  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.65116  normal  0.157207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0275  preprotein translocase subunit SecY  61.57 
 
 		 454 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0794912  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2514  preprotein translocase subunit SecY  61.94 
 
 		 452 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0867  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  61.86 
 
 		 442 aa  537  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000152006  hitchhiker  0.00837403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1333  preprotein translocase subunit SecY  58.06 
 
 		 455 aa  529  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0612  preprotein translocase subunit SecY  60.31 
 
 		 456 aa  530  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0299  preprotein translocase subunit SecY  61.29 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  hitchhiker  0.00000321163 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2798  preprotein translocase subunit SecY  57.52 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.558016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3318  preprotein translocase subunit SecY  58.96 
 
 		 441 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150394  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1775  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  58.81 
 
 		 446 aa  517  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.152379  normal  0.149147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2305  preprotein translocase subunit SecY  59.77 
 
 		 453 aa  510  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0325321  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0787  preprotein translocase subunit SecY  59.77 
 
 		 442 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0142235  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1269  preprotein translocase subunit SecY  54.51 
 
 		 455 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0347  preprotein translocase, SecY subunit  58.51 
 
 		 443 aa  494  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.742267  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0517  preprotein translocase, SecY subunit  58.51 
 
 		 443 aa  494  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.120445  unclonable  0.0000000000266535 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1042  preprotein translocase subunit SecY  59.75 
 
 		 439 aa  491  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0401  preprotein translocase subunit SecY  58.91 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0393  preprotein translocase subunit SecY  58.91 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0413341  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0621  preprotein translocase subunit SecY  58.87 
 
 		 439 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3423  preprotein translocase subunit SecY  57.27 
 
 		 436 aa  489  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.23916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2305  preprotein translocase subunit SecY  58.02 
 
 		 437 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.773218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4223  preprotein translocase subunit SecY  57.73 
 
 		 436 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0505149  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0315  preprotein translocase subunit SecY  57.31 
 
 		 437 aa  486  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0598799  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2352  preprotein translocase subunit SecY  56.88 
 
 		 441 aa  482  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0739  preprotein translocase subunit SecY  56.43 
 
 		 440 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00521081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1575  preprotein translocase subunit SecY  55.3 
 
 		 435 aa  483  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0569624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3929  preprotein translocase subunit SecY  56.36 
 
 		 436 aa  478  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0441  preprotein translocase subunit SecY  55.73 
 
 		 443 aa  480  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1009  preprotein translocase subunit SecY  54.42 
 
 		 439 aa  480  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00114462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0340  preprotein translocase subunit SecY  55.81 
 
 		 443 aa  476  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00542322  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0495  preprotein translocase subunit SecY  56.59 
 
 		 439 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0233  preprotein translocase subunit SecY  56.1 
 
 		 446 aa  478  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000181445  unclonable  0.0000105897 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0340  preprotein translocase subunit SecY  58.63 
 
 		 435 aa  476  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670272  hitchhiker  0.000594925 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0838  preprotein translocase subunit SecY  58.64 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4298  preprotein translocase subunit SecY  55.24 
 
 		 446 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  unclonable  0.0000000000837901 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2154  preprotein translocase subunit SecY  55.79 
 
 		 444 aa  472  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000317062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00958  preprotein translocase subunit SecY  54.03 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0058755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4670  preprotein translocase subunit SecY  55.24 
 
 		 446 aa  474  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000509869  unclonable  0.0000000121988 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2149  preprotein translocase, SecY subunit  57.31 
 
 		 448 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0576412  normal  0.122998 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2819  preprotein translocase subunit SecY  59.07 
 
 		 448 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.83211  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0178  preprotein translocase subunit SecY  55.48 
 
 		 446 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000408952  hitchhiker  0.00214614 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3048  preprotein translocase subunit SecY  58.37 
 
 		 448 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.20022  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5050  preprotein translocase subunit SecY  57.04 
 
 		 437 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.34117  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001722  preprotein translocase SecY subunit  55.79 
 
 		 444 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000228975  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0646  preprotein translocase, SecY subunit  54.65 
 
 		 444 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2304  preprotein translocase subunit SecY  57.8 
 
 		 451 aa  465  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4528  preprotein translocase subunit SecY  54.65 
 
 		 444 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447133  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3159  preprotein translocase subunit SecY  54.5 
 
 		 447 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453709  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5059  preprotein translocase subunit SecY  54.08 
 
 		 442 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000898122  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0334  preprotein translocase subunit SecY  58.37 
 
 		 448 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507904  decreased coverage  0.00438746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0857  preprotein translocase subunit SecY  54.72 
 
 		 442 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0168  preprotein translocase subunit SecY  54.78 
 
 		 446 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09050  preprotein translocase subunit SecY  54.72 
 
 		 442 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.224184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3624  preprotein translocase subunit SecY  58.37 
 
 		 448 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0024204  hitchhiker  0.0000000000316341 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00750  preprotein translocase subunit SecY  55.56 
 
 		 444 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0507  preprotein translocase subunit SecY  53.85 
 
 		 443 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0640452  normal  0.0135524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4729  preprotein translocase subunit SecY  53.85 
 
 		 443 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0376135  normal  0.430849 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0251  preprotein translocase subunit SecY  55.63 
 
 		 446 aa  464  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4150  preprotein translocase subunit SecY  55.63 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000158721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0269  preprotein translocase subunit SecY  57.67 
 
 		 449 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432413  normal  0.0196675 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1944  preprotein translocase subunit SecY  57.61 
 
 		 448 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0204  preprotein translocase subunit SecY  55.63 
 
 		 446 aa  464  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000662692  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0216  preprotein translocase subunit SecY  55.63 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000065492  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0190  preprotein translocase subunit SecY  55.4 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000711222  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3784  preprotein translocase subunit SecY  57.61 
 
 		 448 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>