140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3408 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  100 
 
 		 496 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  63.71 
 
 		 520 aa  570  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  66.87 
 
 		 536 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  69.7 
 
 		 503 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  67.4 
 
 		 455 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  65.42 
 
 		 519 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  34.08 
 
 		 493 aa  202  9e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  35.56 
 
 		 503 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  50.56 
 
 		 537 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  54.29 
 
 		 568 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  40.08 
 
 		 575 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  52.52 
 
 		 520 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  54.23 
 
 		 588 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  50 
 
 		 361 aa  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  28 
 
 		 419 aa  140  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  44.72 
 
 		 408 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  48.12 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  45.74 
 
 		 347 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  46.51 
 
 		 354 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  47.73 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  28.2 
 
 		 411 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  44.97 
 
 		 330 aa  127  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  46.72 
 
 		 349 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  35.66 
 
 		 230 aa  83.2  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.37 
 
 		 292 aa  76.3  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.11 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 		 247 aa  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.89 
 
 		 257 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.71 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.44 
 
 		 253 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.21 
 
 		 270 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.44 
 
 		 260 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.23 
 
 		 475 aa  62  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5983  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.87 
 
 		 396 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.538368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  40.74 
 
 		 264 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 		 250 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1220  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.72 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.68044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.17 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.62 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.09 
 
 		 216 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.89 
 
 		 144 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.51 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4121  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.19 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.88 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.84 
 
 		 211 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.32 
 
 		 184 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.27 
 
 		 269 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.45 
 
 		 309 aa  55.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.55 
 
 		 268 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.15 
 
 		 292 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.54 
 
 		 209 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.81 
 
 		 273 aa  55.5  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.25 
 
 		 270 aa  55.1  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 		 278 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.09 
 
 		 370 aa  55.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.86 
 
 		 210 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2123  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.31 
 
 		 219 aa  54.3  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1022  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.52 
 
 		 411 aa  54.3  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.575167 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.19 
 
 		 303 aa  53.5  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.22 
 
 		 217 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.550857  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  35.07 
 
 		 248 aa  52.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10350  hypothetical protein  30.6 
 
 		 507 aa  53.1  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.228348  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.86 
 
 		 214 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.2 
 
 		 376 aa  52.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0604  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.09 
 
 		 326 aa  52.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.66709  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.03 
 
 		 212 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  35.07 
 
 		 248 aa  52.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.25 
 
 		 272 aa  52.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.11 
 
 		 368 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.86 
 
 		 214 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.85 
 
 		 280 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.656608  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.62 
 
 		 397 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2773  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.85 
 
 		 249 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.41568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2759  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.85 
 
 		 246 aa  51.2  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450449  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10117  hypothetical protein  30.71 
 
 		 251 aa  51.2  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4221  hypothetical protein  33.83 
 
 		 186 aa  51.2  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00480298  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.55 
 
 		 256 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.11 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.09 
 
 		 257 aa  50.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1745  hypothetical protein  29.17 
 
 		 187 aa  50.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0385777 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4815  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.53 
 
 		 217 aa  50.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.60436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.73 
 
 		 291 aa  50.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.6 
 
 		 281 aa  50.4  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2689  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.46 
 
 		 278 aa  50.4  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 		 142 aa  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.62 
 
 		 374 aa  50.1  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.1 
 
 		 386 aa  49.7  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09580  Ykud domain-containing protein  31.54 
 
 		 514 aa  49.7  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00711473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2219  hypothetical protein  28.93 
 
 		 298 aa  49.7  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0511486  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.43 
 
 		 263 aa  49.7  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4260  hypothetical protein  33.83 
 
 		 186 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2089  hypothetical protein  29.17 
 
 		 253 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4055  hypothetical protein  33.08 
 
 		 186 aa  48.9  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3901  erfK/srfK protein  33.08 
 
 		 186 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00361052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4372  hypothetical protein  33.08 
 
 		 186 aa  48.9  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.119165  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.1 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28 
 
 		 294 aa  49.3  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  28.81 
 
 		 266 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>