More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3371 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  100 
 
 		 370 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  56.33 
 
 		 371 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 373 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.97 
 
 		 383 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  45.99 
 
 		 376 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.65 
 
 		 380 aa  299  5e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  44.91 
 
 		 394 aa  280  4e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  44.39 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  40.62 
 
 		 379 aa  273  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  43.58 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.64 
 
 		 366 aa  247  3e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 372 aa  238  9e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  37.53 
 
 		 365 aa  237  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  40.83 
 
 		 376 aa  237  2e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  41.27 
 
 		 376 aa  236  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  40.76 
 
 		 382 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  39.1 
 
 		 378 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.21 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  38.81 
 
 		 372 aa  229  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  38.14 
 
 		 376 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.8 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.8 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  38.21 
 
 		 377 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 382 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  37.7 
 
 		 406 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 		 369 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  40.06 
 
 		 381 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  37.6 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  33.09 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  32.37 
 
 		 420 aa  215  8e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.83 
 
 		 387 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  34.45 
 
 		 380 aa  213  5.999999999999999e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.12 
 
 		 372 aa  209  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.51 
 
 		 377 aa  209  8e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  38.51 
 
 		 381 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.21 
 
 		 377 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  37.96 
 
 		 365 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  35.91 
 
 		 405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  37.21 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.64 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  35.12 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 394 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  36.28 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.09 
 
 		 397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  34.71 
 
 		 403 aa  184  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.49 
 
 		 368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  35.17 
 
 		 397 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  35.71 
 
 		 391 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  35.17 
 
 		 397 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  35.51 
 
 		 367 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 391 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 365 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.99 
 
 		 396 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  34.53 
 
 		 368 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 365 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  31.42 
 
 		 373 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.11 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  35.37 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  32.6 
 
 		 368 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.36 
 
 		 365 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  38.36 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  31.74 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  30.11 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 415 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  31.74 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  37.67 
 
 		 365 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  35.45 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.18 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.47 
 
 		 388 aa  150  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  37.5 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 361 aa  146  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 361 aa  145  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 376 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  35.05 
 
 		 467 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 360 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 360 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 374 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  30.37 
 
 		 349 aa  143  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 361 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  32.86 
 
 		 348 aa  142  9e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.98 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>