140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3286 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  100 
 
 
251 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  68.6 
 
 
270 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  70.04 
 
 
253 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  66.94 
 
 
260 aa  316  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  61.85 
 
 
269 aa  309  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  66.04 
 
 
264 aa  309  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  59.04 
 
 
270 aa  293  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.2 
 
 
210 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.64 
 
 
184 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  59.71 
 
 
211 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.77 
 
 
214 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.26 
 
 
214 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.07 
 
 
183 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.59 
 
 
209 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.17 
 
 
212 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.28 
 
 
219 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.37 
 
 
368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1788  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.58 
 
 
190 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  51.79 
 
 
168 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.8 
 
 
142 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.22 
 
 
142 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1314  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.9 
 
 
139 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  38.68 
 
 
361 aa  71.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  37.86 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  38.71 
 
 
418 aa  68.9  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  39.02 
 
 
419 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  34.68 
 
 
347 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  35.54 
 
 
354 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  46.91 
 
 
519 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  46.91 
 
 
503 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  39.52 
 
 
536 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  36.19 
 
 
349 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  37.8 
 
 
344 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  44.44 
 
 
455 aa  60.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  41.84 
 
 
496 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  44.44 
 
 
520 aa  59.3  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  37.14 
 
 
568 aa  58.9  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  37.14 
 
 
411 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  37.61 
 
 
408 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  36.19 
 
 
575 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0685  hypothetical protein  39.56 
 
 
293 aa  56.2  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.645291  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.38 
 
 
144 aa  55.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  34.29 
 
 
588 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  34.29 
 
 
520 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.04 
 
 
216 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.12 
 
 
263 aa  54.7  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.95 
 
 
257 aa  54.3  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  36.19 
 
 
537 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.68 
 
 
223 aa  53.5  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.44 
 
 
289 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  40.43 
 
 
493 aa  53.5  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  39.74 
 
 
503 aa  53.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  31.93 
 
 
143 aa  52.4  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.35 
 
 
187 aa  52.8  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3627  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.8 
 
 
309 aa  52  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000535955  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.67 
 
 
177 aa  51.6  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2694  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.85 
 
 
315 aa  51.6  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.52 
 
 
142 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.65 
 
 
247 aa  50.1  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0479  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.09 
 
 
323 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.035674 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0668  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.61 
 
 
253 aa  50.4  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.988638  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  26.27 
 
 
332 aa  49.7  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.29 
 
 
250 aa  49.7  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0819  hypothetical protein  28.03 
 
 
253 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  35.24 
 
 
171 aa  49.7  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0318  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.46 
 
 
230 aa  49.3  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000150825  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.92 
 
 
243 aa  49.3  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0817  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.64 
 
 
295 aa  49.3  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000447964  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.89 
 
 
205 aa  48.9  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.698671 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0518  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.38 
 
 
309 aa  48.9  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3219  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.63 
 
 
204 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3988  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.31 
 
 
409 aa  48.9  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4081  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.31 
 
 
409 aa  48.1  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0304  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.46 
 
 
168 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1217  hypothetical protein  55.88 
 
 
164 aa  47.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0177  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30 
 
 
341 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0913  hypothetical protein  27.27 
 
 
253 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0633  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00165646  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1510  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.85 
 
 
307 aa  47  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360333  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0656  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.52 
 
 
253 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.01 
 
 
292 aa  46.6  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4524  hypothetical protein  30 
 
 
253 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0816159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2287  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.34 
 
 
167 aa  45.8  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000631193  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1454  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.07 
 
 
156 aa  45.8  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0480002  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1258  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.73 
 
 
294 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.818065  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.58 
 
 
235 aa  46.2  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.37 
 
 
257 aa  45.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0647  hypothetical protein  25.86 
 
 
180 aa  45.4  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0664  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.76 
 
 
253 aa  45.4  0.0009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1018  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.76 
 
 
481 aa  45.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0891  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
762 aa  45.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0223841  normal  0.138276 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.71 
 
 
272 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5680  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.79 
 
 
318 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5330  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.79 
 
 
318 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.104787  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4281  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.62 
 
 
628 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.67 
 
 
278 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0825  hypothetical protein  25.76 
 
 
253 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2602e-53 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34 
 
 
309 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0806  hypothetical protein  30.69 
 
 
219 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2824  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.97 
 
 
318 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.428776 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>