123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3250 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3250  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  100 
 
 
123 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.493991  normal  0.819791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5408  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  48.08 
 
 
119 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.414606  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0265  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  43.93 
 
 
111 aa  101  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1228  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  42.06 
 
 
114 aa  96.7  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1199  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  42.06 
 
 
114 aa  96.7  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0429  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  41.51 
 
 
116 aa  94.7  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1021  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  39.62 
 
 
115 aa  93.2  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000310459  unclonable  0.00000000357935 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4159  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  38.68 
 
 
115 aa  88.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.445345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2490  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  38 
 
 
109 aa  88.2  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3898  toxin ChpA  37.74 
 
 
110 aa  86.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.363948  normal  0.172464 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1937  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.19 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.471919 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02627  toxin of the ChpA-ChpR toxin-antitoxin system, endoribonuclease  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000370759  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0906  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000283509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02589  hypothetical protein  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000056084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2926  toxin ChpA  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000398718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3086  toxin ChpA  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109045  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01482  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  39.18 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4042  toxin ChpA  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000388483  normal  0.446754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1099  ChpA protein  35.51 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0963556  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2920  toxin ChpA  35.51 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000686349  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2067  toxin ChpA  33.64 
 
 
108 aa  77.4  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4624  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  39.45 
 
 
116 aa  77  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1017  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36 
 
 
109 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3091  toxin ChpA  34.58 
 
 
111 aa  75.9  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00144272  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1107  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.86 
 
 
113 aa  74.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2539  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.48 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0930  toxin ChpA  34.62 
 
 
103 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000206991  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4869  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.97 
 
 
148 aa  70.1  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536474  unclonable  0.0000000999645 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0771  toxin ChpB  41.12 
 
 
115 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3061  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31 
 
 
124 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0164  stable plasmid inheritance protein PemK  38.68 
 
 
121 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000268925  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3503  plasmid stable inheritance protein K  39.22 
 
 
103 aa  63.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5124  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.5 
 
 
108 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.067207 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3598  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.24 
 
 
108 aa  60.8  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4418  toxin ChpB  35.51 
 
 
115 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.751601  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2715  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.19 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0883325 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1707  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  32 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000119812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2866  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.45 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.134272  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4955  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.11 
 
 
118 aa  55.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2503  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.41 
 
 
109 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118079  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0745  growth inhibitor, PemK-like protein  30 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1876  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.39 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3386  PemK family protein  38.68 
 
 
106 aa  55.5  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.474418  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4224  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  24.55 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0041  mRNA endonuclease-like protein PemK  34.67 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5698  toxin ChpB  36.7 
 
 
116 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.783517  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0890  toxin ChpB  33.64 
 
 
115 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1640  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  34.82 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0998854  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1971  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.23 
 
 
114 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3378  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.39 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2247  PemK family protein  30.69 
 
 
109 aa  52.4  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.191111  n/a   
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4177  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.65 
 
 
107 aa  52.4  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.150234  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0676  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91371  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12680  growth inhibitor  32.94 
 
 
124 aa  52.4  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2894  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.219474  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6740  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.33 
 
 
106 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0024  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.77 
 
 
107 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2924  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.03 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.13253  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3743  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31 
 
 
116 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000296135  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1811  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  33.75 
 
 
121 aa  50.8  0.000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0166728  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1380  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.44 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0033  PemK-like protein  31.71 
 
 
110 aa  50.4  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1568  PemK-like protein  34.07 
 
 
112 aa  50.1  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3307  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  44.44 
 
 
48 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0966  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.28 
 
 
116 aa  49.7  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2470  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28 
 
 
107 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3432  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.39 
 
 
107 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.328509  normal  0.0986406 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7291  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.33 
 
 
123 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.141248  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0962  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.94 
 
 
170 aa  48.9  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1327  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  51.11 
 
 
72 aa  48.9  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2699  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.19 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0038479  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5455  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.41 
 
 
107 aa  47.8  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724766  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0309  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.44 
 
 
116 aa  47.8  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2437  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.88 
 
 
107 aa  47  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01740  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.29 
 
 
116 aa  47  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4757  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.33 
 
 
115 aa  47  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.424428  normal  0.0249219 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2165  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.36 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000312533  decreased coverage  0.0000125897 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0256  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.91 
 
 
124 aa  46.6  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000117261  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2605  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.68 
 
 
109 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0906  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.14 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000297621  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1194  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.67 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.300764 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1901  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.28 
 
 
147 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00690873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0291  PemK family protein  30.68 
 
 
117 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0286  PemK family protein  30.68 
 
 
117 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0974  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.57 
 
 
116 aa  45.4  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.836231  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3376  toxin ChpB  32.71 
 
 
116 aa  45.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00160549  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0359  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.1 
 
 
116 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1879  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.75 
 
 
115 aa  45.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2716  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.13 
 
 
111 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0232  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.44 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0269  transcriptional regulator, PemK family  28.44 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.76825  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5056  transcriptional regulator, PemK family  28.44 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.213232  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1348  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.09 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000815798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2436  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.33 
 
 
128 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0274  PemK family transcriptional regulator  29.63 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2003  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.92 
 
 
118 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0240  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.63 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1093  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.44 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0288  transcriptional regulator, PemK family  29.63 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0266  transcriptional regulator, PemK family  29.63 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>