More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3241 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3241  radical SAM family protein  100 
 
 		 329 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.036472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3060  radical SAM domain-containing protein  36.98 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.738512  normal  0.173999 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5654  Radical SAM domain-containing protein  35.97 
 
 		 449 aa  189  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150626  normal  0.213395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4676  Radical SAM domain-containing protein  34.85 
 
 		 434 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.100099  normal  0.0397095 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2384  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.597572  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1058  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 455 aa  119  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1624  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 		 486 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.197988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1502  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 		 442 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0399675  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1457  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 		 442 aa  110  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0669  radical SAM domain-containing protein  25.78 
 
 		 450 aa  109  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0393374  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1501  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 454 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.567857  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1456  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 454 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0478  radical SAM family protein  26.48 
 
 		 448 aa  106  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1396  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 447 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.581014  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1445  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 468 aa  100  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2438  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 		 447 aa  100  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1369  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 454 aa  95.9  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1828  Radical SAM domain protein  33.15 
 
 		 445 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00146977 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0668  radical SAM domain-containing protein  23.2 
 
 		 449 aa  85.9  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.204384  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2391  Radical SAM domain protein  30.9 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000244115  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0897  Radical SAM domain protein  25.94 
 
 		 454 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0870  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)  24.43 
 
 		 483 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0042  radical SAM family protein  24.55 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0076  Radical SAM domain protein  28.15 
 
 		 444 aa  77.4  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.419521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07060  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)  28.42 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2395  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1246  radical SAM family protein  32.03 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0936067  normal  0.0177716 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1353  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 429 aa  75.9  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.973606  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0142  Radical SAM domain protein  23.87 
 
 		 477 aa  75.9  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1961  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 440 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1962  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 		 436 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1357  radical SAM domain-containing protein  28.42 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.241565  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0884  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 510 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.699879  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0575  Radical SAM domain protein  24.91 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2994  Radical SAM domain protein  32.43 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00145585  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6334  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 		 419 aa  69.3  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0725918  hitchhiker  0.00194618 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 		 457 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 		 450 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  32.52 
 
 		 474 aa  68.2  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0687  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 		 481 aa  67.8  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3222  radical SAM domain-containing protein  24.41 
 
 		 459 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.026994  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1561  radical SAM domain-containing protein  21.75 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0998899  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2595  Radical SAM domain protein  30.15 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0848982 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2359  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 450 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  hitchhiker  0.00183234 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2370  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 		 462 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2425  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.200383  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  24.49 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  26.22 
 
 		 477 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1446  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 		 463 aa  64.3  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1704  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 485 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0147  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 		 507 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1008  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 		 453 aa  63.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  31.79 
 
 		 468 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 460 aa  63.2  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4275  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 		 474 aa  62.8  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0262219  normal  0.0188195 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  28.04 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003598  arylsulfatase regulator  26.74 
 
 		 440 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.527576  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  23.15 
 
 		 470 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  26.53 
 
 		 473 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 476 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2734  radical SAM family protein  27.78 
 
 		 446 aa  60.8  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 439 aa  60.8  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 476 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2284  Radical SAM domain protein  24.76 
 
 		 444 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00108467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 476 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 476 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 476 aa  59.7  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  26.82 
 
 		 438 aa  59.7  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 		 452 aa  59.7  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  30.5 
 
 		 476 aa  59.3  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0376  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 		 489 aa  59.3  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3149  putative sulfatase regulator  25.11 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.997665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0685  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 		 499 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827758 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1264  putative sulfatase regulator  25.11 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1379  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 460 aa  58.2  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 		 565 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 		 447 aa  57  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  27.34 
 
 		 465 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2899  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1280  Radical SAM domain protein  29.86 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0418  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 		 431 aa  55.8  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3221  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.726288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.71 
 
 		 394 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1532  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 405 aa  55.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.171129  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2069  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  29.87 
 
 		 398 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1732  radical SAM domain-containing protein  23.21 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0603581  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1381  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  29.87 
 
 		 398 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 452 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1480  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.227708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>